• ชั้นประถม (小学校 โชกักโก): 6 ปี, อายุ 6–12 ปี
• ชั้นมัธยมต้น (中学校 ชูกักโก): 3 ปี, อายุ 12–15 ปี
• ชั้นมัธยมปลาย (高等学校 โคโตกักโก หรือ 高校 โคโก): 3 ปี, อายุ 15–18 ปี

ปีการศึกษาจะเริ่มตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน และสิ้นสุดวันที่ 31 มีนาคม ของปีถัดไป การเรียนจะแบ่งเป็น 3 เทอม โดยมีช่วงปิดเทอม ในสมัยก่อน เด็กญี่ปุ่นจะต้องเรียนที่โรงเรียนตั้งแต่วันจันทร์ถึงศุกร์เต็มวัน และเรียนวันเสาร์อีกครึ่งวัน สิ่งเหล่านี้หมดไปตั้งแต่ปี ค.ศ. 2002 อย่างไรก็ตาม ครูหลายคนยังสอนในช่วงสุดสัปดาห์รวมถึงวันหยุดภาคฤดูร้อนซึ่งมักจะเป็นเดือนสิงหาคม กฎหมายกำหนดให้หนึ่งปีการศึกษามีการเรียนอย่างน้อย 210 วัน แต่โรงเรียนส่วนมากมักจะเพิ่มอีก 30 วันสำหรับเทศกาลของโรงเรียน การแข่งขันกีฬา และพิธีที่ไม่เกี่ยวกับการเรียน โดยเฉพาะการสนับสนุนให้ร่วมมือกันทำงานเป็นกลุ่มและสปิริตของโรงเรียน จำนวนวันที่มีการเรียนการสอนจึงเหลืออยู่ประมาณ 195 วัน

ชาวญี่ปุ่นมีความเชื่อในเรื่องของการศึกษาว่า เด็กๆทุกคนมีความสามารถในการเรียนรู้ ความพยายาม ความพากเพียร และการมีระเบียบวินัยต่อตนเองต่างหาก ที่เป็นตัวกำหนดความสำเร็จทางการศึกษา ไม่ใช่ความสามารถทางการเรียน การศึกษาและพฤติกรรมเป็นสิ่งที่สามารถฝึกอบรมได้ ดังนั้น นักเรียนในชั้นประถมและชั้นมัธยมต้นจึงไม่ได้ถูกแบ่งกลุ่มหรือสอนตามความสามารถของแต่ละคน การสอนจะไม่ถูกปรับให้เหมาะสมกับความแตกต่างของบุคคล

หลักสูตรการศึกษาแห่งชาติกำหนดให้นักเรียนได้รับการศึกษาขั้นพื้นฐานที่พอเหมาะ และการเรียนภาคบังคับถือเป็นการปฏิบัติต่อนักเรียนด้วยความเสมอภาค มีการกระจายงบประมาณไปตามโรงเรียนต่างๆอย่างเท่าเทียมกัน อย่างไรก็ตาม การที่หลักสูตรกำหนดเช่นนี้ส่งผลให้ขาดความยืดหยุ่น รวมถึงความสอดคล้องกันของพฤติกรรม ความพยายามเพียงน้อยนิดที่จะกระตุ้นนักเรียนให้มีความสนใจพิเศษ การปฏิรูปการศึกษาในปลายทศวรรษที่ 1980 มีเป้าหมายเพื่อเน้นในเรื่องความยืดหยุ่น ความคิดสร้างสรรค์ และการเพิ่มโอกาสให้นักเรียนได้แสดงออกในสิ่งที่ตนเองชอบ แต่กระนั้นความพยายามก็บังเกิดผลเพียงน้อยนิด การคิดเชิงวิพากษ์ไม่ถือเป็นสิ่งที่มีคุณค่าในระบบการศึกษาญี่ปุ่น นักเรียนจะถูกสอนให้จำเนื้อหาที่พวกเขาต้องใช้สอบ ผลการเรียนที่สูงจึงไม่ได้ชี้วัดหรือสะท้อนความสามารถที่แท้จริงของนักเรียน

ปัญหาที่มีมาโดยตลอดคือ ความคิดเกี่ยวกับการ"กด"นักเรียนที่ทำตัวโดดเด่นในห้องเรียน เนื่องจากนักเรียนจะถูกจำกัดให้ทำเกรดในแต่ละวิชา จึงไม่มีความต้องการรับนักเรียนที่มีความสามารถเป็นเลิศหรือนักเรียนที่ขาดความสามารถในการเรียน เช่น นักเรียนที่เกิดในประเทศที่พูดภาษาอังกฤษเป็นหลัก ก็ยังต้องเรียนวิชาภาษาอังกฤษในระดับชั้นที่เขาเรียน เช่นเดียวกับนักเรียนชั้นมัธยม 3 ที่ยังไม่ได้เรียนวิชาคณิตศาสตร์ปีแรก เขาจะต้องเข้าเรียนวิชาคณิตศาสตร์ในระดับที่เกินกว่าความสามารถของเขา นักเรียนที่ขาดความสามารถในการเรียนจะถูกจัดให้เรียนในชั้นเรียนปกติ ซึ่งครูไม่ได้รับการฝึกมาเป็นพิเศษสำหรับการสอนพวกเขา ไม่มีวิธีแก้ไขหรือมีชั้นเรียนพิเศษสำหรับความต้องการของนักเรียนแต่ละคน

เป็นที่น่าสังเกตว่า ปัญหาเหล่านี้ทำให้ผู้ปกครองบางคนปฏิเสธที่จะยอมรับว่าบุตรหลานของตนมีความต้องการพิเศษ เทียบกับในสหรัฐอเมริกา หลายเขตในญี่ปุ่นส่วนใหญ่มีการเรียนการสอนพิเศษสำหรับนักเรียนที่ขาดความสามารถในการเรียนรู้ขั้นรุนแรง ในกรณีนี้ นักเรียนแต่ละคนจะมีครูหรือผู้ดูแลคอยช่วยเหลือพวกเขา ขณะที่โรงเรียนเหล่านี้มีบริการพิเศษสำหรับคนกลุ่มน้อย adult service กำลังจะหายไปอย่างช้าๆเพราะการตัดงบประมาณ

มีข้อยกเว้นสำหรับการศึกษาภาคบังคับ นักเรียนที่พ่อแม่ไม่ใช่ชาวญี่ปุ่น เช่น ลูกของผู้ใช้แรงงานที่อพยพเข้ามา ก็สามารถเข้าเรียนในโรงเรียนได้ แม้จะไม่ได้บังคับก็ตาม ซึ่งในกรณีนี้ ความรับผิดชอบสำหรับการสอนภาษาให้กับนักเรียนกลุ่มนี้จะตกอยู่กับโรงเรียนซึ่งมักจะไม่สามารถจัดการเรียนการสอนตามภาษาของนักเรียนได้ ยิ่งกว่านั้น การสอนจะไม่ถูกปรับให้เหมาะสมกับความแตกต่างของแต่ละคน ลูกของผู้ใช้แรงงานที่ไม่สามารถใช้ภาษาได้ดีแทบจะไม่ประสบความสำเร็จในโรงเรียนของญี่ปุ่น แม้แต่ผู้ที่ใช้ภาษาญี่ปุ่นได้ พวกเขาก็ต้องเจอกับการแบ่งแยก ด้วยเหตุนี้ นักเรียนที่ไม่ใช่ชาวญี่ปุ่นมักจะมีชื่อภาษาญี่ปุ่น และบางครั้งก็ถูกบีบบังคับให้ซ่อนความเป็นตัวของตัวเองไม่ให้ผู้อื่นเห็นแม้แต่เพื่อนสนิทของเขาเอง อย่างไรก็ตาม มีความเข้าใจผิดว่านักเรียนที่ไม่ใช่ชาวญี่ปุ่นจะไม่สามารถเข้าร่วมการประกวดสุนทรพจน์ หรือโปรแกรมแลกเปลี่ยนต่างประเทศได้ แม้ว่านักเรียนที่เติบโตในประเทศที่พูดภาษาอังกฤษเป็นหลักมักจะถูกกีดกันไม่ให้เข้าร่วมประกวดสุนทรพจน์ แต่เชื้อชาติก็ไม่ได้เป็นปัจจัย ตัวอย่างเช่น ในโตเกียว นักเรียนชาวจีนและชาวเกาหลีก็เข้าร่วมการประกวดสุนทรพจน์ และโปรแกรมแลกเปลี่ยนต่างประเทศ

นักเรียนที่เรียนในการศึกษาภาคบังคับจะได้รับตำราเรียนฟรี คณะบริหารของโรงเรียนเป็นผู้เลือกตำราเรียนทุกๆสามปี โดยเลือกจากรายชื่อหนังสือที่กระทรวงการศึกษาได้รับรองแล้วหรือหนังสือที่กระทรวงจัดทำขึ้นเอง กระทรวงจะเป็นผู้รับภาระค่าตำราทั้งในโรงเรียนรัฐบาลและโรงเรียนเอกชน ตำราเรียนมีขนาดเล็ก ใช้ปกอ่อนหุ้ม สามารถพกพาได้โดยง่าย และถือเป็นสมบัติของนักเรียน

โรงเรียนส่วนใหญ่จะมีระบบดูแลด้านสุขภาพ มีสิ่งของด้านการศึกษาและกีฬาอยู่พอประมาณ โรงเรียนประถมส่วนใหญ่มีสนามเด็กเล่นกลางแจ้ง ประมาณร้อยละ 90 มีโรงยิม และ 75% มีสระว่ายน้ำกลางแจ้ง ห้องเรียนส่วนมากยังขาดแคลนคอมพิวเตอร์และเครื่องฉายภาพข้ามศีรษะ การเรียนการสอนและโครงงานของนักเรียนมักไม่ใช้เทคโนโลยีเข้าช่วย อินเทอร์เน็ตยังไม่ถูกนำมาใช้ประโยชน์ทางด้านการศึกษามากนัก

ตั้งแต่ประถมจนถึงมัธยม นักเรียนจะต้องอยู่ในกลุ่มโฮมรูมของตน หมายความว่า พวกเขาจะต้องทำงานกับนักเรียนที่อยู่ในโฮมรูมเดียวกันตลอดทั้งปี โฮมรูมและหลักสูตรการศึกษาญี่ปุ่นปลูกฝังเรื่องการทำงานเป็นกลุ่มและความภาคภูมิใจในโรงเรียนของตน โรงเรียนที่ญี่ปุ่นมีนักการภารโรงที่ทำงานด้านความสะอาดอยู่น้อยมาก