แม้ว่ารากฐานการศึกษาเรื่องพฤติกรรมองค์การอาจย้อนไปได้ถึง แม็กซ์ เวเบอร์ (Max Weber) หรือก่อนหน้านั้น แต่การศึกษาในลักษณะที่เป็นสาขาวิชาหนึ่งนั้นอาจกล่าวได้ว่าเริ่มต้นเมื่อมีการนำเสนอแนวคิดการจัดการแบบวิทยาศาสตร์ (scientific management) ในช่วงทศวรรษ 1980 ตามแนวคิดของเทเลอย์ (Taylorism) โดยตั้งอยู่บนข้อสมมติที่ว่าการจัดองค์การโดยการจัดแบ่งหน้าที่และโครงสร้างอย่างสมเหตุสมผล และกำหนดวิธีการทำงานที่ดีที่สุดจากการเก็บรวบรวมข้อมูลแบบไทม์ โมชั่นจะทำให้ผลผลิตเพิ่มขึ้น ตามมาด้วยการเสนอระบบค่าตอบแทนตามผลงาน (different compensation systems)

ภายหลังสงครามโลกครั้งที่ 1 การศึกษาเรื่ององค์การเปลี่ยนจุดสนใจมาที่ตัวแปรทางจิตวิทยาและพฤติกรรมของบุคคลที่มีผลกระทบต่อองค์การ การเปลี่ยนแปลงนี้เกิดขึ้นจากผลการศึกษาทดลองที่ฮอว์ธอร์น (Hawthorne Effect) ก่อนที่จะพัฒนามาเป็นกลุ่มศึกษาแบบมนุษยสัมพันธ์ (Human Relations Movement) มุ่งเน้นความสนใจไปที่การทำงานร่วมกัน (teams) และการจูงใจ (motivation) รวมทั้งการให้ความสำคัญของคุณค่าที่แต่ละปัจเจกบุคคลมุ่งหมายในการเข้าร่วมทำงานกับองค์การ ผู้นำการศึกษาในแนวทางนี้ได้แก่ Chester Barnard, Henri Fayol, Mary Parker Follett, Frederick Herzberg, Abraham Maslow, David McClelland, Victor Vroom

ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 การศึกษาองค์การเปลี่ยนจุดสนใจอีกครั้ง เนื่องจากการพัฒนาองค์ความรู้ในด้านการขนส่งขนาดใหญ่จากประสบการณ์ในการส่งกำลังบำรุงทางทหาร การวิจัยเชิงปฏิบัติการ (operations research) ส่งผลให้องค์การมีผลผลิตเพิ่มขึ้นอย่างมากจนกระทั่งทำให้นักวิชาการหันมาสนใจในเรื่องการจัดวางระบบและแนวทางการศึกษาแบบมีเหตุมีผลเชิงปริมาณอีกครั้งในช่วงทศวรรษ 1960-70 เป็นช่วงที่สาขาวิชานี้ได้รับอิทธิพลจากสาขาวิชาจิตวิทยาสังคม (social psychology) ควบคู่ไปกับการศึกษาวิจัยเชิงปริมาณ (quantitative research) เพื่อพัฒนาองค์ความรู้

ต่อมาในช่วงทศวรรษ 1980 การลงทุนข้ามประเทศทำให้วิชาองค์การเริ่มหันมาสนใจในเรื่องวัฒนธรรมและการเปลี่ยนแปลงองค์การ งานวิจัยเชิงคุณภาพเริ่มได้รับการยอมรับมากขึ้น โดยได้รับอิทธิพลจากสาขาวิชามานุษยวิทยา จิตวิทยา และสังคมวิทยา