หลังจากกองทัพญี่ปุ่นบุกเข้านานกิงได้เรียบร้อยแล้ว ก็ทำการเข้าปลดอาวุธทหารจีนที่ยอมแพ้และยอมตกเป็นเชลย โดยมีคำสั่งต่อทหารญี่ปุ่นว่าให้กำจัดคนจีนและเชลยทุกคนที่จับได้ และจากที่ประชุมตกลงว่า จะทำการแบ่งเชลยออกเป็นจำนวนเท่า ๆ กัน และจะถูกนำออกมาจากที่คุมขังเป็นกลุ่ม กลุ่มละ 50 คน เพื่อนำไปประหาร ใช้ทหารกองร้อยที่ 1, 2 และ 5 โดยกองร้อยที่ 1 ใช้พื้นที่บริเวณนาข้าวและบริเวณพื้นที่ลุ่มทางตะวันตกเฉียงใต้ของกองร้อยที่ 2 และกองร้อยที่ 5 ใช้พื้นที่บริเวณนาข้าวทางตะวันออกเฉียงใต้ของที่ตั้งกอง

คำสั่งนั้นเป็นไปอย่างเป็นเหตุเป็นผลและเหี้ยมโหดโดยปราศจากเมตตาเพราะไม่สามารถหาอาหารให้เชลยทั้งหมดได้ โดยสามารถช่วยขจัดปัญหาเรื่องอาหาร และลดการตอบโต้ได้

ญี่ปุ่นใช้วิธีการหลอกลวงเชลยเพื่อนำไปประหารหลายวิธีด้วยกัน เช่น ให้สัญญาว่าจะปฏิบัติอย่างดีหากไม่ต่อต้าน หลอกให้เข้ามอบตัว แบ่งผู้ชายออกเป็นกลุ่ม กลุ่มละร้อยหรือสองร้อย แล้วหลอกไปยังจุดต่าง ๆ ที่นอกตัวเมืองเพื่อฆ่าทิ้ง

ทั้งหมดนี้ได้รับการปฏิบัติอย่างง่ายดายกว่าที่ฝ่ายญี่ปุ่นคาด การต่อต้านมีเพียงบางจุด เพราะทหารจีนส่วนใหญ่ทิ้งอาวุธและทิ้งเมืองไปก่อนแล้ว