6 สิงหาคม ค.ศ. 1937 เนื่องจากกองทัพญี่ปุ่นไม่สามารถหาอาหารมาให้แก่เชลยศึกอย่างเพียงพอได้ จึงคิดทำการสังหารเชลยศึกเสีย แต่กฎหมายระหว่างประเทศในขณะนั้นได้ให้การคุ้มครองแก่เชลยศึกอยู่ จักรพรรดิฮิโรฮิโตะจึงได้มีรับสั่งแก่ทหารทุกนายให้ยกเลิกการใช้คำว่าเชลยศึกกับชาวจีนที่ถูกจับได้ และนำเชลยศึกเหล่านั้นไปทำการสังหารที่บริเวณแม่น้ำแยงซี การสังหารเชลยศึกส่วนใหญ่เกิดขึ้นในวันที่ 18 ธันวาคม (ซึ่งถูกเรียกว่า String Gorge Massacre) ทหารญี่ปุ่นใช้เวลาในช่วงเช้าเพื่อมัดเชลยศึกเหล่านั้นเข้าด้วยกันเป็นจำนวนหลายแถว และเปิดฉากยิงใส่ด้วยปืนกล เชลยศึกที่ถูกมัดอยู่ไม่สามารถหนีได้ ทำได้เพียงกรีดร้องเท่านั้น เชลยศึกราว 57,500 คนถูกสังหาร

เชลยศึกบางส่วน ถูกทหารญี่ปุ่นมัดเข้าด้วยกัน และให้เชลยศึกเหล่านั้นเหยียบกับระเบิด เพื่อสังหารหมู่ บ้างก็มัดเชลยเหล่านั้นเข้าด้วยกันแล้วจุดไฟเผา