รหัสทางพันธุกรรมและทางชีวเคมีที่มีร่วมกัน

สิ่งมีชีวิตที่รู้จักทั้งหมดมีมูลฐานจากกระบวนการทางชีวเคมีพื้นฐานที่เหมือนกัน คือข้อมูลทางพันธุกรรมที่เข้ารหัสอยู่ในดีเอ็นเอ คัดลอกเป็นอาร์เอ็นเอผ่านปฏิกิริยาของโปรตีนและเอนไซม์ (RNA polymerase) แล้วแปลงเป็นโปรตีนโดยไรโบโซม โดยมี ATP, NADPH, และโมเลกุลอื่น ๆ เป็นแหล่งพลังงาน เป็นต้นอนึ่ง รหัสพันธุกรรม (คือข้อมูลดีเอ็นเอที่ใช้แปลงเป็นโปรตีน) ยังแทบเหมือนกันในสิ่งมีชีวิตที่รู้จักทั้งหมด ตั้งแต่แบคทีเรีย อาร์เคีย สัตว์ ตลอดจนถึงพืชนักชีววิทยาทั่วไปมองความสากลของรหัสเช่นนี้ว่า เป็นหลักฐานให้น้ำหนักแก่ทฤษฎีการสืบเชื้อสายร่วมกันสากล (universal common descent)

การวิเคราะห์รหัสทางพันธุกรรมที่ต่างกันเล็กน้อย ยังให้หลักฐานกับทฤษฎีอีกด้วยตัวอย่างหนึ่งก็คือ Cytochrome c ซึ่งเป็น hemeprotein ที่สิ่งมีชีวิตโดยมากมีเหมือนกัน[19]อนึ่ง การเปรียบเทียบทางสถิติของสมมติฐานต่าง ๆ แสดงว่า การมีบรรพบุรุษร่วมกันอย่างสากลเป็นไปได้สูงกว่าสมมติฐานที่กำหนดว่ามีแหล่งกำเนิดต่าง ๆ กัน[2][20]

ความคล้ายคลึงกันที่ไม่ได้คัดเลือก

ความคล้ายคลึงกันของสิ่งมีชีวิตที่ไม่ใช่การปรับตัว ไม่สามารถอธิบายด้วยปรากฏการณ์วิวัฒนาการเบนเข้าและดังนั้น จึงเป็นตัวสนับสนุนที่น่าเชื่อถือสำหรับทฤษฎีการสืบเชื้อสายร่วมกันสากลหลักฐานเช่นนี้มาจากกรดอะมิโนและลำดับดีเอ็นเอคือโปรตีนที่มีโครงสร้างสามมิติเช่นเดียวกันไม่จำเป็นต้องมีลำดับกรดอะมิโนที่เหมือนกันดังนั้น ความคล้ายคลึงกันที่ไม่จำเป็นของลำดับจึงเป็นหลักฐานว่าสืบทอดเชื้อสายมาร่วมกัน

อนึ่ง ในบางกรณี ยังมีโคดอน (เป็นลำดับนิวคลีโอไทด์ 3 ลำดับ) หลายชุดที่เข้ารหัสกรดอะมิโนอันเดียวกันดังนั้น ถ้าสปีชีส์ 2 ชนิดใช้โคดอนที่ตำแหน่งเดียวกันเพื่อแปลงเป็นกรดอะมิโน แม้จะทำได้จากโคดอนในตำแหน่งอื่น ๆ ด้วย นี่ก็เป็นหลักฐานว่าสืบทอดเชื้อสายมาร่วมกันเร็ว ๆ นี้

ความคล้ายคลึงกันอื่น ๆ

ความสากลทางวัฏจักรชีวิตของเซลล์ในด้านต่าง ๆ ก็สนับสนุนหลักฐานอื่นซึ่งน่าเชื่อถือกว่าดังที่กล่าวมาแล้วอีกด้วยความคล้ายคลึงกันรวมทั้งสารพลังงานคือ อะดีโนซีนไตรฟอสเฟต (ATP)และความจริงว่า กรดอะมิโนที่พบทั้งหมดในโปรตีนมี Chirality แบบ "มือซ้าย"

อย่างไรก็ดี ก็ยังเป็นไปได้ว่าความคล้ายคลึงกันเช่นนี้มีผลจากกฎทางฟิสิกส์หรือทางเคมีไม่ใช่การสืบทอดเชื้อสายร่วมกันสากล และดังนั้น ความเหมือนกันจึงอาจมาจากวิวัฒนาการเบนเข้า

ต้นไม้วิวัฒนาการชาติพันธุ์

หลักฐานสำคัญอีกอย่างก็คือมันเป็นไปได้ที่จะสร้างต้นไม้วิวัฒนาการชาติพันธุ์ (phylogenetic trees) หรือ "พงศาวลี" ของสปีชีส์อย่างละเอียดลออที่แสดงหมวดหมู่และบรรพบุรุษร่วมกันของสปีชีส์ที่ยังมีชีวิตอยู่ทั้งหมดเช่น งานศึกษาปี 2553 วิเคราะห์ข้อมูลพันธุกรรมที่มีอยู่โดยใช้สถิติ[2]แล้วสร้างต้นไม้วิวัฒนาการชาติพันธุ์ ซึ่งแสดง "หลักฐานเชิงปริมาณที่เข้มแข็ง โดยการทดสอบแบบรูปนัย สำหรับความเป็นเอกภาพของชีวิต"[3]อย่างไรก็ดี มีนักวิชาการที่ไม่เห็นด้วยกับข้ออ้างว่าเป็น "การทดสอบแบบรูปนัย"[21]เพราะไม่พิจารณาวิวัฒนาการเบนเข้า แม้เจ้าของงานจะได้ตอบโต้ข้อคัดค้านการใช้คำนี้[22][23]

ทั่วไปแล้ว ต้นไม้เยี่ยงนี้จะสร้างโดยใช้การเปรียบเทียบทางสัณฐานวิทยา เช่น รูปร่างที่ปรากฏ สภาพของเอ็มบริโอ เป็นต้นแต่เร็ว ๆ นี้ ก็ยังสามารถสร้างต้นไม้ด้วยข้อมูลโมเลกุล คือเทียบความคล้ายความต่างของลำดับยีนและลำดับโปรตีนวิธีการเหล่านี้ทั้งหมดแสดงผลที่คล้ายกันถึงแม้ความแตกต่างของยีนจะไม่มีผลต่อสัณฐานรูปร่างภายนอกความเข้ากันได้ของต้นไม้ที่สร้างโดยข้อมูลต่าง ๆ จึงเป็นหลักฐานที่เข้มแข็งของการสืบทอดเชื้อสายร่วมกันที่เป็นมูล[24]