ประวัติการเข้ามาของศาสนาอิสลามในประเทศอินโดนีเซียค่อนข้างไม่ชัดเจน[1] โดยทฤษฎีหนึ่งระบุว่า ศาสนาอิสลามเดินทางมาจากคาบสมุทรอาหรับโดยตรงตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่ 9 ซึ่งตรงกับสมัยรัฐเคาะลีฟะฮ์อุมัยยะฮ์และอับบาซียะฮ์ ส่วนอีกทฤษฎียกให้นักเดินทางศูฟีนำอิสลามเข้ามาในคริสต์ศตวรรษที่ 12 หรือ 13 จากรัฐคุชราตในประเทศอินเดีย หรือจากเปอร์เซีย[2] ก่อนที่หมู่เกาะจะเปลี่ยนมานับถือศาสนาอิสลาม ศาสนาหลักในประเทศอินโดนีเซียคือศาสนาฮินดู (โดยเฉพาะในธรรมเนียมลัทธิไศวะ) และศาสนาพุทธ[3][4]หมู่เกาะที่ปัจจุบันอยู่ในอินโดนีเซียได้รับการยอมรับว่าเป็นแหล่งเครื่องเทศอย่างจันทน์เทศและกานพลูมานานหลายศตวรรษ ซึ่งเป็นสินค้าหลักในการค้าเครื่องเทศมายาวนานก่อนที่โปรตุเกสเข้ามาที่หมู่เกาะบันดาใน ค.ศ. 1511[5][6] เนื่องจากจุดยุทธศาสตร์ของหมู่เกาะที่เป็นประตูระหว่างโลกมุสลิมกับจีนสมัยจักรวรรดิ บริเวณจึงกลายเป็นศูนย์กลางระหว่างประเทศที่พลุกพล่านสำหรับพ่อค้าที่ทำธุรกิจการค้าหลายรูปแบบ[7] และเป็นบริเวณที่ผู้คนต่างแบ่งปันวัฒนธรรมของตน ซึ่งหนึ่งในนั้นคือความเชื่ออิสลามถึงแม่ว่าจะเป็นหนึ่งในการพัฒนาที่สำคัญที่สุดในประวัติศาสตร์อินโดนีเซีย หลักฐานเกี่ยวกับการเข้ามาของอิสลามในอินโดนีเซียกลับมีจำกัด โดยมีการถกเถียงกันอย่างมากในหมู่นักวิชาการเกี่ยวกับข้อสรุปใดที่สามารถสรุปได้เกี่ยวกับการเข้ารีตของชาวอินโดนีเซีย[8]:3 หลักฐานชั้นปฐมภูมิ (อย่างน้อยในขั้นตอนก่อนหน้าของกระบวนการ) คือป้ายสุสานและบันทึกนักเดินทางสองสามคน แต่ข้อมูลเหล่านั้นแสดงให้เห็นมุสลิมพื้นเมืองในสถานที่หนึ่ง ณ ช่วงเวลาหนึ่งเท่านั้น หลักฐานนี้ไม่สามารถอธิบายเรื่องที่ซับซ้อนกว่านี้ได้ เช่น วิถีชีวิตได้รับผลกระทบจากศาสนาใหม่ หรือมีผลกระทบต่อสังคมอย่างลึกซึ้งเพียงใด และไม่สามารถคาดการณ์ว่าเพียงเพราะมีผู้นำที่รู้กันว่าเป็นมุสลิม ดังนั้นจึงเกิดอิสลามานุวัตรอย่างแพร่หลาย ถึงกระนั้น จุดเปลี่ยนที่ชัดเจนเกิดขึ้นเมื่อจักรวรรดิมัชปาหิตของฮินดูในชวาตกไปเป็นของรัฐสุลต่านเดอมัก จากนั้นใน ค.ศ. 1527 ผู้นำมุสลิมเปลี่ยนชื่อเมืองซุนดาเกอลาปาเป็นจายาการ์ตา (แปลว่า "ชัยชนะอันล้ำค่า") ซึ่งภายหลังย่อเป็นจาการ์ตาการเผยแผ่ศาสนาอิสลามเป็นไปอย่างเชื่องช้า[9] หลักฐานที่มีอยู่อย่างจำกัดเท่าที่ทราบกันในปัจจุบันบ่งชี้ว่าการแพร่กระจายของศาสนาอิสลามเร่งตัวขึ้นในคริสต์ศตวรรษที่ 15 ลักษณะเฉพาะประการหนึ่งของการเผยแผ่ศาสนาอิสลามในอินโดนีเซียคือการบรรลุผลโดยสันติวิธีในทางทั่วไป[10][11][12][13] เมื่อพ่อค้ามุสลิมตั้งถิ่นฐานในพื้นที่ชายฝั่ง พวกเขาก็เริ่มถูกกลืนเข้ากับประชากรพื้นเมือง ภายหลังจึงเกิดชุมชนมุสลิมใหม่ตามหลักฐานในบันทึกการเดินทางของอิบน์ บะฏูเฏาะฮ์, เจิ้งเหอ และมาร์โก โปโล มุสลิมหลายคนแต่งงานระหว่างกันกับเชื้อพระวงศ์และบรรดาลูกหลานได้จัดตั้งรัฐสุลต่านหลายแห่งในสุมาตราและชวา ทำให้สมัยฮินดู-พุทธของประวัติศาสตร์อินโดนีเซียสิ้นสุดลง