ประโยชน์ที่ได้จากการแปรรูปอาหารมีทั้งการได้ทำลายสารที่เป็นพิษในอาหาร ช่วยถนอมอาหาร ทำให้มีกลิ่นและรสชาติดีขึ้น สามารถจำหน่ายได้สะดวกขึ้น และเพิ่มความเข้มข้นของอาหาร การแปรรูปอาหารในสมัยใหม่ยังช่วยพัฒนาคุณภาพชีวิตของผู้ที่เป็นโรคภูมิแพ้ โรคเบาหวาน และผู้ที่ไม่สามารถบริโภคอาหารได้อย่างปกติ และสามารถเติมสารอาหารที่เป็นประโยชน์ได้อีกด้วย