การแปรรูปอาหารมักจะทำให้คุณค่าทางโภชนาการลดลง และบางครั้งอาจจะมีสารเคมีที่เป็นพิษปะปนเข้าไปกับอาหารในระหว่างการแปรรูป อย่างเช่นสารประกอบประเภทไนไตรท์ หรืออะโรมาติก ไฮโดรคาร์บอน ซึ่งสารหลายชนิดที่ใช้เจือปนในอาหารก็พบว่ามีผลเสียต่อสุขภาพ ขณะที่การแปรรูปบางวิธีก็ทำให้อาหารมีกลิ่นและรสชาติน่ารับประทานน้อยลง