โรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์ (STIs) หลายชนิดอาจเป็นผลมาจากกิจกรรมทางเพศ จากการศึกษาปีค.ศ. 2007 ได้รายงานว่ามีการสำรวจประชากรครั้งใหญ่ถึง 2 ครั้งซึ่งก็ได้ข้อสรุปว่า "ชายรักร่วมเพศโดยส่วนใหญ่มีจำนวนคู่นอนที่ไม่มีการป้องกันในแต่ละปีใกล้เคียงกับจำนวนของคู่ชายและหญิงรักต่างเพศ"[21][22]

เอดส์เป็นโรคของระบบภูมิคุ้มกันของมนุษย์ที่เกิดจากเชื้อเอชไอวี[23][24][25] จากผลสำรวจของทั่วโลกพบว่าประมาณร้อยละ 5 ถึง 10 ของการติดเชื้อมาจากผู้ชายที่ร่วมเพศกับผู้ชาย[26] โดยอย่างไรก็ตามปีค.ศ. 2009 ในทวีปอเมริกาเหนือ ยุโรปตะวันตก และยุโรปกลาง พบว่าการติดเชื้อเอชไอวีติดต่อโดยผู้ชายที่ร่วมเพศกับผู้ชายมากกว่าช่องทางการติดต่ออื่นๆ[27] ในสหรัฐจากผู้ติดเชื้อไวรัสเอชไอวีรายใหม่จำนวน 38,739 รายพบว่าเป็นกลุ่มชายรักร่วมเพศและชายรักร่วมสองเพศในร้อยละ 70 ของกลุ่มผู้ติดเชื้อทั้งหมด[28] จากจำนวนผู้ที่ได้รับการวินิจฉัยว่าติดเชื้อเอชไอวีในสหราชอาณาจักรจำนวน 5,164 ราย ในปีค.ศ. 2016 นั้นพบว่าร้อยละ 54 เป็นชายรักร่วมเพศและชายรักร่วมสองเพศ[29] ซึ่งในปีค.ศ. 2017 สถิตินี้มีตัวเลขที่ลดลงในลอนดอนตามที่รายงานโดยกระทรวงสาธารณสุขของประเทศอังกฤษประจำปีค.ศ. 2017[30][31] ความเกี่ยวโยงของเชื้อเอชไอวีกับกลุ่มชายรักร่วมเพศ และผู้ชายที่ร่วมเพศกับผู้ชายอาจเห็นชัดได้จากบทบาททางเพศที่มองผู้ชายว่าต้องมีลักษณะที่เข้มแข็ง และอดทน จากทั้งหมดทำให้ผู้ชายบางส่วนได้เข้าถึงการรักษาที่ค่อนข้างช้า[32] ในด้านการครอบคลุมของการให้บริการเพื่อป้องกันเชื้อเอชไอวียังมีอัตราที่ต่ำสำหรับชายรักร่วมเพศ และผู้ชายที่ร่วมเพศกับผู้ชาย ซึ่งปัญหาดังกล่าวยังมีให้เห็นแม้กระทั่งในประเทศที่มีรายได้ทางเศรษฐกิจสูง[32]

ซิฟิลิสเป็นโรคที่แพร่จากคนสู่คนผ่านการสัมผัสโดยตรงกับบริเวณที่เกิดซิฟิลิส ซึ่งส่วนใหญ่อยู่ที่อวัยวะเพศภายนอก, ช่องคลอด หรือทวารหนัก[33] ในปีค.ศ. 2006 จากเคสของผู้ป่วยโรคซิฟิลิสในสหรัฐทั้งหมดพบว่าเป็นผู้ชายที่ร่วมเพศกับผู้ชายในร้อยละ 64[33] ผู้ชายที่ร่วมเพศกับผู้ชายมีอัตราการติดโรคซิฟิลิสมากขึ้นโดยเฉพาะในกลุ่มประเทศที่พัฒนาแล้ว ซึ่งการติดโรคซิฟิลิสกลับมีอัตราที่เพิ่มขึ้นมากกว่าการติดเชื้อเอชไอวี[34] แต่ในทางกลับกันจากการสำรวจในสหรัฐพบว่าในกลุ่มชายผู้ชายที่ร่วมเพศกับผู้ชายครึ่งหนึ่งในกลุ่มตัวอย่างมีอัตราการติดโรคซิฟิลิสก็มีเชื้อเอชไอวีเช่นเดียวกัน จากผลการศึกษาบางชิ้นโดยใช้วิธีการสุ่มกลุ่มตัวอย่างตามความสะดวกได้ข้อสรุปผลของการเพิ่มขึ้นของโรคดังกล่าวมาจากสาเหตุมาจากการที่มีเพศสัมพันธ์โดยไม่สวมใส่ถุงยางอนามัยที่มากขึ้นในกลุ่มผู้ชายที่ร่วมเพศกับผู้ชาย[35] แม้ว่าจะมีผลการศึกษาโดยใช้กลุ่มตัวอย่างที่เป็นตัวแทนระดับประเทศซึ่งบทสรุปพบว่าอัตราการใช้ถุงยางอนามัยในกลุ่มผู้ชายที่ร่วมเพศกับผู้ชายเพิ่มขึ้นและไม่ลดลงในช่วงทศวรรษที่ผ่านมา และความถี่ของการร่วมเพศทางทวารหนักในมีกิจกรรมทางเพศครั้งสุดท้ายของกลุ่มผู้ชายที่ร่วมเพศกับผู้ชายก็ลดลงเป็นอย่างมาก[36]

จากผลการสำรวจของสหรัฐพบว่าเอชไอวี, ซิฟิลิส และหูดที่ทวารหนักพบได้บ่อยในผู้ชายที่เพิ่งร่วมเพศกับผู้ชาย (MSM) มากกว่าผู้ชายที่เพิ่งร่วมเพศกับผู้หญิงเท่านั้น (MSW) ในทางกลับกันเริมที่อวัยวะเพศชายกลับพบได้น้อยในกลุ่มผู้ชายที่ร่วมเพศกับผู้ชาย แต่กลับพบได้มากในกลุ่มผู้ชายที่ร่วมเพศกับผู้หญิง ในส่วนของคลามิเดีย, ฮิวแมนแพปพิลโลมาไวรัส (HPV), หนองในแท้ และเหา พบว่าไม่มีความแตกต่างมากนักกับกลุ่มผู้ชายทั้งสองกลุ่ม[37]