วัตถุดิบในการทำก๋วยเตี๋ยวแขกมีเครื่องเคราออกไปทางจีนเสียมาก ร้านอาหารอิสลามที่จำหน่ายก๋วยเตี๋ยวแขกส่วนใหญ่ใช้เนื้อวัวเป็นหลัก (บ้างก็ใช้น่องไก่แทน) นำไปต้มให้เปื่อย จากนั้นนำใบกระวาน ลูกกระวาน กานพลู โป๊ยกั้ก ไปผัดจนหอม แล้วนำพริกแกงเผ็ด (บางแห่งใส่พริกแกงกะหรี่ลงไปด้วย) ลงไปผัด จากนั้นใส่กะทิลงไปผัดกับพริกแกงให้เข้ากัน ก่อนนำพริกแกงที่ผัดไปใส่ในน้ำต้มเนื้อ ปรุงรสด้วยน้ำปลา น้ำตาลปีบ ครั้นเมื่อจะจัดเสิร์ฟจะคลุกเส้นด้วยน้ำมันเจียว ใส่ถั่วงอก ไชโป๊หวาน เต้าหู้ทอด ถั่วลิสงคั่วบดหยาบ หอมเจียว ไข่ต้มผ่าซีก โรยหน้าด้วยผักชีและหอมซอย[1][5] นอกจากนี้ ร้านอาหารที่จำหน่ายก๋วยเตี๋ยวแขกบางแห่ง จะไม่มีเนื้อสัตว์เป็นส่วนประกอบเลย มีเพียงเต้าหู้ทอดและไข่ต้มเท่านั้น[6]

ส่วยก๋วยเตี๋ยวแขกชาววัง สูตรของหม่อมเจ้าจันทร์เจริญ รัชนี หลานสาวของท่านผู้หญิงเปลี่ยน ภาสกรวงศ์ ผู้เขียน แม่ครัวหัวป่าก์ ได้ระบุวัตถุดิบสำหรับทำก๋วยเตี๋ยวแขกไว้ใกล้เคียงกับเครื่องแกงสำหรับทำข้าวซอย ได้แก่ ลูกผักชี ยี่หร่า กระวาน กานพลู ลูกจันทน์ ผงกะหรี่ โดยการผัดพริกแกงกับกะทิ แล้วตุ๋นด้วยเนื้อวัว รับประทานกับเต้าหู้ทอดและหอมเจียว[7]