การคัดเลือกและพัฒนาพันธุ์ โดยการผสมข้ามพันธุ์ระหว่าง ข้าวเจ้าหอมนิล มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ (พันธุ์พ่อ) กับ ข้าวขาวดอกมะลิ 105(ข้าวหอมมะลิ) จากสถาบันวิจัยข้าว (พันธุ์แม่) โดยเริ่มผสมพันธุ์เมื่อปี พ.ศ. 2545 ณ ศูนย์วิทยาศาสตร์ข้าว[1] มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน จ. นครปฐม เมื่อได้ลูกผสม F1 ปล่อยให้มีการผสมตัวเอง แล้วเก็บเมล็ด F2 มาปลูกต่อซึ่งมีจำนวนมากกว่า 10,000 ต้น ทำการคัดเลือกต้น F2 จากการสังเกตลักษณะทรงต้นที่ให้ผลผลิตดี, การติดเมล็ดดี, รูปร่างเมล็ดเรียวยาว จากนั้นประเมินคุณภาพเมล็ดโดยกระเทาะเมล็ดแล้วสังเกตความสม่ำเสมอ สังเกตความใส-ขุ่นของเมล็ด การแตกหักจากการสี แล้วจึงคัดเลือก F3 family เพื่อปลูกและคัดเลือกครอบครัวที่มีต้น ที่ให้ผลผลิตสูง ติดเมล็ดดี ขนาดเมล็ดใหญ่ ยาวเรียว, ไม่เป็นโรคไหม้คอรวง, เปลือกเมล็ดสะอาด, คัดเลือกสายพันธุ์ที่มีเมล็ดข้าวกล้องสีม่วงเข้ม-ดำ, น้ำหนักเมล็ดต่อครอบครัวดี แล้วทำการคัดเลือกภายในครอบครัวให้ได้จำนวนประมาณ 2-5 ต้นในปี 2546 และทำเช่นนี้อีกในรุ่น F4 และ F5 ในปี 2547 จากนั้นทำการเปรียบเทียบผลผลิตในรุ่น F6 และ F7 ในปี 2548 โดยเลือกครอบครัว F6 จำนวน 96 ครอบครัว ปลูกแบบปักดำจำนวน 25 ต้น/ครอบครัว ทำเป็น 3 ซ้ำ เพื่อเปรียบเทียบผลผลิต ลักษณะที่แสดงออก, ปริมาณธาตุเหล็กและปริมาณสารต้านอนุมูลอิสระชนิดต่างๆ แล้วทำการคัดเลือกต้นดีเด่นภายในครอบครัวแล้ว bulk ให้ครอบครัว F7 เพื่อปลูกเปรียบเทียบผลผลิตเป็นครั้งที่ 2 และวิเคราะห์คุณค่าทางโภชนาการซ้ำอีกครั้งหนึ่ง ทำให้ค้นพบข้าวเจ้าสีม่วงเข้ม เมล็ดเรียวยาว ที่มีสารต้านอนุมูลอิสระสูงและมีคุณค่าทางโภชนาการโดยรวมดีเด่น 1 สายพันธุ์ในปี พ.ศ. 2548 โดยให้ชื่อพันธุ์ว่า ไรซ์เบอร์รี่ [2]

การปรับปรุงพันธุ์ข้าวโภชนาการสูง จนเป็นที่มาของการค้นพบข้าวไรซ์เบอร์รี่ ได้เริ่มดำเนินการมาตั้งแต่ปี 2547-2554 ภายใต้โครงการบูรณาการเทคโนโลยีชีวภาพในการสร้างพันธุ์ข้าวเพื่อเพิ่มมูลค่าและคุณค่าสูงที่ได้รับทุนสนับสนุนการวิจัยจาก สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ โดยศูนย์วิทยาศาสตร์ข้าว มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน ได้ร่วมทำวิจัยกับสถาบันวิจัยโภชนาการ มหาวิทยาลัยมหิดล สำนักงานวิจัยคณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลรามาธิบดี คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ภาควิชาเคมี คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ในการศึกษาเชิงโภชนาการบำบัดของผลิตภัณฑ์ข้าวโภชนาการสูงอย่างเป็นวิทยาศาสตร์ หลังจากได้พันธุ์ข้าวแล้ว สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ ได้สนับสนุน โครงงานวิจัย “ธัญโอสถ” ตราเครื่องหมายมาตรฐานผลิตภัณฑ์จากข้าวโภชนาการสูง โดยมีเป้าหมายเพื่อสร้างความเด่นชัดให้กับข้าวไรซ์เบอร์รี่ ด้วยการพัฒนาเครื่องหมายคุณภาพที่เริ่มตั้งแต่การผลิตข้าวเปลือกจากแปลงเกษตรกรจนถึงข้าวถุงที่จะส่งถึงมือผู้บริโภคตลอดจนคุณภาพวัตถุดิบเช่นน้ำมันรำข้าวบีบเย็น และกากรำข้าวบีบปราศจากน้ำมัน ที่เกิดจากข้าวโภชนาการสูง ต่อมาได้มี โครงการส่งเสริมการปลูกข้าวไรซ์เบอร์รี่อินทรีย์ ภายใต้ชื่อ “ธุรกิจเชิงสังคมข้าวไรซ์เบอร์รี่อินทรีย์แบบครบวงจร ระหว่างมูลนิธิเพื่อนพึ่ง (ภา), มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์และธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์ (ธกส.) [3]