พล.อ.อ.คงศักดิ์ วันทนา ตำแหน่งหน้าที่ราชการประกอบด้วยผู้อำนวยการกองนโยบายและแผน กรมยุทธการทหารอากาศ เสนาธิการโรงเรียนการบิน รองผู้บัญชาการโรงเรียนการบิน รองเจ้ากรมส่งกำลังบำรุงทหารอากาศ ผู้ช่วยเจ้ากรมส่งกำลังบำรุงทหาร เสนาธิการกองบัญชาการสนับสนุนทหารอากาศ ผู้ช่วยเสนาธิการทหารอากาศฝ่ายยุทธบริการ

นอกจากนี้ยังมีตำแหน่งอื่นๆ ที่สำคัญ เช่น ตุลาการทหารสูงสุด ประธานกรรมการ บริษัทวิทยุการบินแห่งประเทศไทย กรรมการบริษัท ท่าอากาศยานไทย จำกัด (มหาชน) ประธานกรรมการบริษัท อุตสาหกรรมการบิน จำกัดและได้รับการยกย่องจากกระทรวงกลาโหมเรื่องการบริจาคเงิน 1 ล้านบาท ให้โรงพยาบาลภูมิพลอดุลยเดช[3]

งานการเมือง

พล.อ.อ.คงศักดิ์ วันทนา ได้รับตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ในรัฐบาลของพันตำรวจโททักษิณ ชินวัตร แทนพล.ต.อ.ชิดชัย วรรณสถิตย์ เมื่อวันที่ 2 สิงหาคม พ.ศ. 2548[4] จนกระทั่งถูกรัฐประหารในวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2549