คณะผู้แทนสหประชาชาติในซูดานใต้ (อังกฤษ: United Nations Mission in South Sudan; อักษรย่อ: UNMISS) เป็นคณะผู้แทนรักษาสันติภาพแห่งสหประชาชาติครั้งล่าสุดสำหรับประเทศซูดานใต้ที่เพิ่งเป็นเอกราช ซึ่งเป็นเอกราชเมื่อวันที่ 9 กรกฎาคม ค.ศ. 2011 คณะผู้แทนรักษาสันติภาพของสหประชาชาติในสาธารณรัฐซูดานใต้ ซึ่งใช้อักษรย่อ UNMISS[1] ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม ค.ศ. 2011 โดยข้อมติคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติ 1996 (ค.ศ. 2011) คณะผู้แทนนี้มีขึ้นตั้งแต่เดือนธันวาคม ค.ศ. 2016 โดยมีเดวิด เชียเรอร์ ซึ่งเป็นผู้แทนพิเศษของเลขาธิการ ที่สืบตำแหน่งต่อจากเอลเลน มาร์เกรธ ลอจ ตั้งแต่เดือนสิงหาคม ค.ศ. 2015 มีเจ้าหน้าที่ทั้งหมด 12,523 นาย (ทหาร 11,350 นาย และตำรวจ 1,173 นาย) โดยมีสำนักงานใหญ่ตั้งอยู่ที่จูบา ซึ่งเป็นเมืองหลวงของประเทศซูดานใต้[2]