บาทหลวงอาแล็กซ็องดร์ เดอ รอด มิชชันนารีคณะเยสุอิตซึ่งทำการประกาศข่าวดีในภูมิภาคตะวันออกไกลในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 17 เห็นว่าควรบวชคนพื้นเมืองเป็นบาทหลวง คริสตจักรท้องถิ่นจะได้เติบโตก้าวหน้ายิ่งขึ้น จึงเดินทางไปกรุงโรม เพื่อขอให้สมเด็จพระสันตะปาปาอินโนเซนต์ที่ 10 ทรงแต่งตั้งมุขนายกผู้แทนพระสันตะปาปาไปปกครองสำนักมิสซังในภูมิภาคนั้น แต่พระสันตะปาปาไม่ทรงตอบรับ ท่านจึงเดินทางไปปารีสเพื่อหาอาสาสมัครไปทำงานแพร่ธรรมต่อ บาทหลวงฟร็องซัว ปาลูว์ และบาทหลวงปีแยร์ ล็องแบร์ เดอ ลา ม็อต อาสาทำงานนั้น ทั้งสองเดินทางไปกรุงโรมและได้รับการอภิเษกเป็นมุขนายกในปี ค.ศ. 1658 โดยมุขนายกปาลูว์ได้รับมอบหมายให้ไปปกครองมิสซังตังเกี๋ย ส่วนมุขนายกล็องแบร์ เดอ ลา ม็อต ให้ไปปกครองมิสซังโคชินไชนา จึงถือว่าเหตุการณืนี้เป็นจุดเริ่มต้นของคณะมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีส[1] ต่อมาอีญาซ กอตอล็องดี ได้เข้าร่วมพันธกิจด้วย และได้รับอภิเษกเป็นมุขนายกเช่นกัน ทั้งสามได้รับสิทธิว่าภายในกำหนดระยะเวลา 7 ปีนั้นสามารถบวชกุลบุตรพื้นเมืองที่รู้ภาษาละตินเป็นบาทหลวงได้ ทั้งสามยังได้ตั้งเซมินารีขึ้นที่กรุงปารีสเพื่ออบรมกุลบุตรชาวฝรั่งเศสไปร่วมพันธกิจนี้

มุขนายกทั้งสามพร้อมกับมิชชันนารีในคณะของตนทยอยออกเดินทางจากฝรั่งเศส คณะของมุขนายกเดอ ลา ม็อต ออกเดินทางในปี ค.ศ. 1660 มาถึงกรุงศรีอยุธยาเมื่อวันที่ 22 สิงหาคม ค.ศ. 1662 ส่วนคณะของมุขนายกปาลูว์มาถึงเมื่อวันที่ 27 มกราคม ค.ศ. 1664 ตรงกับรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ส่วนมุขนายกกอตอล็องดีถึงแก่กรรมที่ประเทศอินเดียเสียก่อน ขณะนั้นเกิดการเบียดเบียนคริสต์ศาสนิกชนอย่างหนักในตังเกี๋ยและจีน ประกอบกับพระเจ้ากรุงสยามได้ต้อนรับคณะมิชชันนารีเป็นอย่างดี มุขนายกทั้งสองที่เหลือจึงตัดสินใจปักหลักประกาศศาสนาในดินแดนสยาม จนกระทั่งวันที่ 4 กรกฎาคม ค.ศ. 1669 สมเด็จพระสันตะปาปาเคลเมนต์ที่ 9 จึงโปรดให้ตั้งมิสซังสยามเป็นเขตผู้แทนพระสันตะปาปา บาทหลวงหลุยส์ ลาโน มิชชันนารีในคณะของมุขนายกปาลูว์ได้รับอภิเษกเป็นผู้แทนพระสันตะปาปาประมุขมิสซังองค์แรก

มิชชันนารีคณะมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีสยังคงปฏิบัติพันธกิจอยู่จวบจนปัจจุบัน ตามสถิติปี ค.ศ. 2014 คณะมีสมาชิกเป็นบาทหลวง 208 องค์[5]