สาเหตุของการที่คณะรัฐประหารไม่ได้รับความยอมรับประเด็นหลักคือเรื่องการตั้งข้อหา การดำเนินคดีความ การจับกุมและละเมิดสิทธิมนุษยชนซึ่งคณะรัฐประหารได้สั่งให้บุคคลไปรายงานตัวจำนวนมากและหลายคดีดำเนินคดีในศาลทหาร ตำรวจ ทหารภายใต้คณะรักษาความสงบแห่งชาติได้แจ้งความรวมถึงจับบุคคล เข้าคุก ตามข้อหาต่างๆ จำนวนผู้ที่เคยจำคุกเนื่องจากชุมนุมต่อต้านคณะรัฐประหารอย่างน้อย 15 ราย[2] ทุกคนได้รับการปล่อยตัว ยกเว้นคดีความผิดต่อองค์พระมหากษัตริย์ไทย ที่ส่วนใหญ่ไม่ได้รับการประกันตัว มีผู้หนีหมายจับ ศาลทหาร (ประเทศไทย) ไปต่างประเทศอย่างน้อย 50 ราย

การดำเนินคดีเกี่ยวกับความผิดต่อองค์พระมหากษัตริย์ไทย ภายหลังการรัฐประหาร ที่มีชื่อเสียงได้แก่ กรณีของ นาย สิรภพ กรณ์อุรุษ ซึ่งเป็นเจ้าของเว็บบล็อก หมิ่นพระบรมเดชานุภาพ นามปากกา รุ่งศิลา [3]คณะรัฐประหารออกคำสั่งให้เขาไปรายงานตัว และทำการจับกุมเขาระหว่างเดินทาง เขาถูกดำเนินคดีจำคุกจนถึงปัจจุบัน คณะรักษาความสงบแห่งชาติ มีความต้องการฟ้องร้องบุคคลในความผิดต่อองค์พระมหากษัตริย์ไทย อีกจำนวนมาก อาทิ สมศักดิ์ เจียมธีรสกุล สุรชัย ด่านวัฒนานุสรณ์ วัฒน์ วรรลยางกูร อภิวันท์ วิริยะชัย จักรภพ เพ็ญแข เสน่ห์ ถิ่นแสน จรัล ดิษฐาอภิชัย ใจ อึ๊งภากรณ์ อรรถชัย อนันตเมฆ มีผู้ติดคุกตามความผิดต่องค์พระมหากษัตริย์ไทยหลังการรัฐประหารอย่างน้อย 80 ราย

นอกจากนั้นยางพารานั้นต่ำที่สุดในรอบ 8 ปี เมื่อปี พ.ศ. 2558[4] ชาวเกษตรกรจึงได้รับความเดือดร้อนอย่างมาก จึงก่อให้เกิดความพยายามประท้วงขึ้นหลายครั้ง[5] แต่กลับถูกทหารจับกุมเข้าค่ายปรับทัศนคติ[6] ซึ่งเป็นเหตุผลหลักทำให้ชาวสวนยางพาราหรือชาวใต้ เริ่มไม่พอใจคณะรัฐประหารชุดนี้ นอกจากนี้ยังพบว่าคณะรัฐประหารที่อ้างความชอบธรรมในการปราบปรามการทุจริตในเมืองไทยกลับกลายเป็นผู้ต้องสงสัยว่าทุจริต ไม่ว่าจะเป็นเรื่องการทุจริตอุทยานราชภักดิ์[7] การแต่งตั้งหลานชายตัวเองเข้ารับราชการทหารโดยไม่ผ่านการสอบหรือการเรียนโรงเรียนนายร้อย[8] การตั้งบริษัทส่วนตัวในค่ายทหาร[9] เหตุการณ์ที่สภานิติบัญญัติแห่งชาติ(สนช.)สามารถไม่เข้าร่วมประชุมได้อย่างไม่จำกัดและยังได้รับเงินเดือนอยู่โดยไม่ถูกลงโทษใด ๆ[10] การเดินทางไปร่วมประชุมรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมอาเซียนที่รัฐฮาวาย[11] การไม่แจ้งบัญชีทรัพย์สินนาฬิกาก่อนรับตำแหน่งรัฐมนตรี ของ พลเอก ประวิตร วงษ์สุวรรณ[12]

อีกทั้งบุคคลใน องค์กรตามรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย มีที่มาจาก สภานิติบัญญัติแห่งชาติ (ประเทศไทย) พ.ศ. 2557 ซึ่งทำให้ประชาชนสงสัยในความเป็นกลางของตุลาการศาลรัฐธรรมนูญ[13]ตุลาการศาลปกครองสูงสุด[14] คณะกรรมการการเลือกตั้ง (ประเทศไทย) เนื่องจากที่มานั้นได้รับการอนุมัติตำแหน่งโดย สภานิติบัญญัติแห่งชาติ (ประเทศไทย) พ.ศ. 2557 ซึ่งสมาชิกสภาดังกล่าวถูกวิจารณ์ว่าไม่เป็นกลาง เนื่องจากมีทหารเป็นจำนวนมากในสภา

องค์กรที่ประกาศต่อต้านคณะรัฐประหารได้แก่ เครือข่ายนักวิชาการเพื่อสิทธิพลเมือง คณะนิติราษฎร์ ศูนย์ทนายความเพื่อสิทธิมนุษยชน องค์กรเสรีไทยเพื่อสิทธิมนุษยชนและประชาธิปไตย โดยมีเป้าหมายสูงสุดคือยกเลิกประกาศ[15] คำสั่ง คณะรักษาความสงบแห่งชาติ และ คำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความแห่งชาติ