คณะสาธารณสุขศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหาสารคาม ดำเนินงานตามพันธกิจ 4 ประการ คือ [3][4]:3

• ผลิตบัณฑิตที่มีความรู้ความสามารถตามมาตรฐานวิชาชีพสาธารณสุข
• วิจัยและพัฒนาระบบสุขภาพที่สอดคล้องกับนโยบายและยุทธศาสตร์การวิจัยของชาติ
• บริการวิชาการด้านสุขภาพร่วมกับชุมชนที่สอดคล้องกับภูมิปัญญาและวัฒนธรรมท้องถิ่น
• ทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรมและภูมิปัญญาท้องถิ่นด้านสุขภาพ

คณะมีการบริหารงานโดยมีคณะกรรมการบริหารคณะ มีคณบดีเป็นผู้นำการบริหาร และรองคณบดีและผู้ช่วยคณบดีกำกับดูแลฝ่ายงาน ตามโครงสร้างองค์กร ดังนี้ [4][5]