สำหรับนิสิตแพทย์ชั้นปี 1 ทางมหาวิทยาลัยให้นิสิตชั้นปี 1 ทุกคณะ ทุกคน พักอาศัยอยู่ภายในหอพักนิสิตของมหาวิทยาลัยเพื่อให้มีโอกาสได้ทำความรู้จักกับเพื่อนนิสิตคณะอื่นๆ ซึ่งหอพักนิสิตมหาวิทยาลัยนเรศวรนั้นตั้งอยู่ด้านหลังมหาวิทยาลัยบริเวณข้างอ่างเก็บน้ำ เป็นอาคาร 4 ชั้น มีทั้งสิ้น 15 อาคาร โดยมี "อาคารขวัญเมือง" เป็นอาคารบริการและอาคารอเนกประสงค์ของหอพักนิสิต การพักอาศัยในหอพักของมหาวิทยาลัยนั้นจะมีการเก็บค่าใช้จ่ายรายเทอม[55]

ในส่วนของนิสิตแพทย์ชั้นปี 2 - 6 สามารถย้ายเข้ามาพักอาศัยในหอพักนิสิตแพทย์ซึ่งเป็นหอพักของคณะแพทยศาสตร์เอง โดยเป็นอาคารหอพักสูง 4 ชั้น ตั้งอยู่ด้านหลังโรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร บริเวณด้านข้างหอพักอาจารย์ มน.นิเวศ 6 และมีการเก็บค่าใช้จ่ายเป็นรายปี[56] การพักอาศัยในหอพักนิสิตแพทย์นี้ไม่เป็นการบังคับ ซึ่งนิสิตแพทย์สามารถเช่าหอพักเอกชนที่มีอยู่โดยรอบมหาวิทยาลัยได้[57]

ในส่วนของนิสิตแพทย์ชั้นปี 4 - 6 ที่ศึกษา ณ ศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิกในแต่ละแห่งนั้น นิสิตแพทย์สามารถพักอาศัยในหอพักนิสิตแพทย์ในโรงพยาบาลแต่ละแห่ง โดยมีการเก็บค่าใช้จ่ายเป็นรายปีเช่นเดียวกัน