"คณะโบราณคดี" ได้ก่อตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2498 โดยมีจุดมุ่งหมายหลักให้เป็นคณะวิชาที่ผลิตครู อาจารย์ และนักโบราณคดี รวมทั้งเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้องกับงานโบราณคดีเพื่อปฏิบัติหน้าที่ในกองโบราณคดีของ กรมศิลปากร หรืองานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับโบราณคดี หลักสูตรและการเรียนการสอนในคณะโบราณคดีระยะแรกนั้นเป็นหลักสูตรอนุปริญญา 3 ปี โดยเป็นหลักสูตรที่เน้นด้านการผลิตนักวิชาการสาขาโบราณคดีเท่านั้น

ในแรกเริ่ม คณะโบราณคดีมีจุดมุ่งหมายหลัก เพื่อสนับสนุนให้ผู้สนใจ และมีสติปัญญาก้าวหน้าขึ้นไปเป็นผู้เชี่ยวชาญทางด้านโบราณคดี รวมทั้งการผลิตบัณฑิตเพื่อเข้ารับราชการในกองโบราณคดี กรมศิลปากร นักโบราณคดีและครูอาจารย์ รวมทั้งเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้องกับงานโบราณคดี เนื่องจากเล็งเห็นว่าในประเทศไทยเป็นประเทศที่มีโบราณวัตถุสถานอยู่เป็นจำนวนมาก โบราณวัตถุสถานเหล่านี้ย่อมเป็นเครื่องชี้ให้เห็นถึงประวัติศาสตร์และวัฒนธรรมอันเก่าแก่ของชาติ เป็นเครื่องผูกพันและช่วยกระตุ้นเตือนให้คนในชาติรู้สึกภาคภูมิใจ รักชาติมุ่งมานะที่จะรักษาเอกราชของชาติให้ดำรงคงอยู่ตลอดกาล การศึกษาโบราณคดี เท่ากับเป็นการช่วยรักษาวัฒนธรรมอันสูงส่งของชาติไว้มิให้สูญหาย จึงควรมีบุคลากรที่สามารถศึกษา เพื่อสร้างความเข้าใจและรักษาโบราณวัตถุโบราณสถานของชาติไว้ หลักสูตรและการเรียนการสอนในคณะโบราณคดีระยะแรก ๆ จึงเป็นการเน้นผลิตนักวิชาการสาขาโบราณคดีเท่านั้น

พ.ศ. 2496 มหาวิทยาลัยศิลปากร ได้เปิดเตรียมคณะโบราณคดีขึ้นอีกแผนกหนึ่ง ในโรงเรียนศิลปศึกษา (เตรียมมหาวิทยาลัยศิลปากร) ปัจจุบันคือ วิทยาลัยช่างศิลป ในครั้งนั้นโรงเรียนศิลปศึกษา แบ่งเป็น 3 แผนกคือ จิตรกรรม โบราณคดี และช่างสิบหมู่ เตรียมคณะโบราณคดีมีหลักสูตร 3 ปี ผู้ที่เรียนจบชั้นปีที่ 2 ถ้าสอบได้คะแนนถึงตามที่มหาวิทยาลัยกำหนดไว้ ก็จะมีสิทธิที่จะเข้าศึกษาต่อในมหาวิทยาลัยศิลปากร สำหรับผู้ที่สอบได้คะแนนไม่ถึงหรือต้องการประกอบอาชีพ ไม่ต้องการที่จะเรียนต่อ ในมหาวิทยาลัยก็เรียนต่อจนจบชั้นปีที่ 3 ก็จะได้รับประกาศนียบัตรเทียบเท่าชั้น มัธยมศึกษาปีที่ 6 ปัจจุบัน (ม.8 เดิม)

สถานที่เรียนเมื่อครั้งเป็นโรงเรียนศิลปศึกษานั้น ใช้อาคารเก่าของ กระทรวงคมนาคม ซึ่งเดิมตั้งอยู่ที่ โรงละครแห่งชาติ ปัจจุบัน นักเรียนเตรียมโบราณคดีรุ่นแรกมีทั้งหมด 4 คน หญิง 1 คน ชาย 3 คน มีอาจารย์ที่สอนคือ ศาสตราจารย์ ชิน อยู่ดี อาจารย์ เขียน ยิ้มศิริ อาจารย์ จิรา จงกล ศาสตราจารย์ หม่อมเจ้าสุภัทรดิศ ดิศกุล รายพระนามและรายนามอาจารย์ที่กล่าวมานี้คงเป็นที่รู้จักของนักศึกษาโบราณคดีเป็นอย่างดี สำหรับวิชาสามัญต่าง ๆ ได้แก่ภาษาอังกฤษ ฯลฯ เรียนรวมกันทั้ง 3 แผนก คือ จิตรกรรม โบราณคดี และช่างสิบหมู่

พ.ศ. 2498 มหาวิทยาลัยศิลปากรได้เปิดคณะโบราณคดี ขึ้นเป็นคณะวิชาที่ 3 ของมหาวิทยาลัยศิลปากร สถานที่เรียนของคณะโบราณคดีในขณะนั้นยังอยู่ที่โรงเรียนศิลปศึกษา บางครั้งได้อาศัย พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พระนคร เป็นที่ทำการชั่วคราวด้วย เมื่อตั้งคณะโบราณคดีขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2498 นั้น คณะโบราณคดียังไม่มีอาจารย์ประจำ อาจารย์ที่สอนส่วนใหญ่เป็นข้าราชการจากกรมศิลปากร นอกจากนี้ยังมีอาจารย์พิเศษจากมหาวิทยาลัยอื่น ๆ เช่น จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย อาจารย์จากคณะต่าง ๆ ในมหาวิทยาลัยศิลปากร และจาก กระทรวงศึกษาธิการ เป็นต้น

พ.ศ. 2503 คณะโบราณคดีได้ย้ายมาอยู่บริเวณเดียวกับมหาวิทยาลัยศิลปากรปัจจุบัน

พ.ศ. 2507 ย้ายมาอยู่ตำหนักพรรณราย บริเวณ วังท่าพระ ซึ่งปัจจุบันเป็นหอศิลป์ มหาวิทยาลัยศิลปากร

พ.ศ. 2521 ย้ายมาอยู่ที่อาคารคณะโบราณคดีได้ในปัจจุบัน และใน พ.ศ. 2520 สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงเข้าศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา สาขาวิชาจารึกภาษาตะวันออก ดำเนินการสอนโดยภาควิชาภาษาตะวันออก คณะโบราณคดี มหาวิทยาลัยศิลปากร เมื่อปีการศึกษา 2520 และทรงสำเร็จการศึกษาเมื่อปีการศึกษา 2521