นักศึกษาคณะโบราณคดี มหาวิทยาลัยศิลปากร ทำการศึกษาที่มหาวิทยาลัยศิลปากร วังท่าพระ ตลอดหลักสูตรทั้ง 4 ปี โดยมีอาคารที่มักใช้เรียนทั้งหมด 3 อาคารเรียน ส่วนการขุดค้นหรือการศึกษานอกสถานที่จะเป็นกรณีพิเศษของนักศึกษาในวิชาเอกโบราณคดี ประวัติศาสตร์ศิลปะ และมานุษยวิทยา โดย 3 อาคารเรียนที่ใช้มีดังนี้

1. อาคารคณะโบราณคดี วังท่าพระ – เป็นอาคารเรียนหลักของคณะโบราณคดี โครงสร้างอาคารเป็นอาคารเรียนสูง 5 ชั้น โดยนักศึกษาทุกวิชาเอกจะทำการศึกษาที่อาคารนี้ หน้าอาคารจะมีสนามบาสเกตบอล ใช้เพื่อการทำกิจกรรมต่าง ๆ เช่น การชนช้าง หรือการเชียร์โต้ของแต่ละคณะในวังท่าพระ รวมถึงใช้เป็นที่จอดรถในกรณีที่ที่จอดรถไม่เพียงพอ
2. หอประชุมและศูนย์เรียนรวม วังท่าพระ – ในส่วนของหอประชุมใช้เพื่อสำหรับการเรียนการสอนในวิชาศึกษาทั่วไปหรือวิชาที่มีนักศึกษาลงเป็นจำนวนมาก รองรับนักศึกษาได้ราว ๆ 300 คน และอาคารศูนย์รวมนั้นแท้จริงเป็นอาคารของ คณะมัณฑนศิลป์ แต่ได้มีการแบ่งชั้นใต้ดิน ชั้น 1 และชั้น 2 เพื่อเป็นศูนย์เรียนรวมของนักศึกษา เพื่อรองรับความแออัด
3. ศูนย์สันสกฤตศึกษา มหาวิทยาลัยศิลปากร – ตั้งอยู่ที่คลองทวีวัฒนา มีจุดประสงค์เพื่อเป็นหน่วยงานเสริมแก่คณะโบราณคดี ภาควิชาภาษาตะวันออก ในด้านการให้ความรู้ทางด้านวิชาการ โดยนักศึกษาวิชาเอกภาษาไทย จะได้ทำการศึกษาที่ศูนย์สันสกฤตศึกษาเป็นครั้งคราว

นอกจาก 3 อาคารนี้แล้ว คณะโบราณคดี ยังมีอาคารคณะอีกแห่งอยู่ที่มหาวิทยาลัยศิลปากร วิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรี เนื่องจากในตอนนั้นทางมหาวิทยาลัยมีความเห็นให้ย้ายคณะโบราณคดีมาศึกษาที่วิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรี แต่ไม่ได้รับการสนับสนุนและเห็นชอบจากอาจารย์คณะโบราณคดีรวมถึงนักศึกษาส่วนใหญ่ ทำให้ล้มเลิกไป จึงมีการใช้อาคารคณะโบราณคดีที่วิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรีในโอกาสต่าง ๆ แทน ส่วนคณะโบราณคดีก็ให้ทำการเรียนการสอนที่วังท่าพระตามเดิม