ในสมัยโบราณตลาดน้ำจะมีเพียงไม่กี่ครั้งใน 1 เดือน ตามระดับน้ำที่ขึ้นลงตลอดเวลา จึงจำเป็นต้องมีตลาดน้ำมากมายหลายแห่งในละแวกเดียวกัน โดยมากจะมีติดๆ กัน เรียกว่า นัด ดังนั้นคลองดำเนินสะดวกจึงเป็นที่ตั้งของตลาดน้ำหลายแห่ง ตลาดน้ำที่เกิดขึ้นเป็นแห่งแรกคือ ตลาดน้ำดำเนินสะดวก ปากคลองลัดพลี เป็นคลองที่ลัดเข้าตัวจังหวัดราชบุรีได้โดยไม่ต้องผ่านประตูน้ำ แต่เดิมมีชื่อเรียกว่า นัดศาลาห้าห้อง นัดศาลาแดง หรือนัดหลักแปด เพราะเดิมสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) ให้ปลูกศาลาเป็นไม้มี 5 ห้อง หลังคามุงกระเบื้องสีแดงเป็นที่พักคนงาน[12] ต่อมากลายเป็นตลาดสำคัญคู่กับนัดปากคลองฝั่งแม่น้ำแม่กลอง (นัดปากคลองมีวัน 1 6 และ 11 ค่ำ นัดดำเนินสะดวกมีวัน 2 7 และ 12 ค่ำ) นอกจากนี้ในปี พ.ศ. 2447 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 ยังได้เสด็จประพาสต้นตลาดน้ำแห่งนี้อีกด้วย [13] ในช่วงปี พ.ศ. 2500 ตลาดน้ำขยายพื้นที่กินบริเวณตั้งแต่ปากคลองลัดพลี ไปตามคลองดำเนินสะดวกยาวหลายกิโลเมตร ในสมัยนั้นตลาดน้ำดำเนินสะดวก มีอยู่ 3 จุด คือ ที่ปากคลองลัดพลี ปากคลองโพธิ์หัก หรือคลองบัวงาม และที่ปากคลองศรีสุราษฎร์ [14] และยังทำให้เกิดตลาดน้ำใหม่สร้างเพื่อการท่องเที่ยวโดยเฉพาะอย่างคลองต้นเข็ม หลังจากนั้นมาตลาดน้ำที่มีมาแต่เดิมก็ถูกลดความสำคัญลงไป เหลือเพียงตลาดน้ำเพื่อการท่องเที่ยวเท่านั้น ตลาดน้ำคลองลัดพลีในปัจจุบันได้รับการฟื้นฟูขึ้นมาใหม่[15] อยู่ตรงข้ามกับตลาดน้ำคลองต้นเข็ม ซึ่งเป็นที่รู้จักโด่งดังไปทั่วโลกตลาดน้ำที่สำคัญในคลองดำเนินสะดวกได้แก่

• ตลาดน้ำดำเนินสะดวก หรือ ตลาดน้ำคลองต้นเข็ม
• ตลาดน้ำคลองลัดพลี หรือ ตลาดน้ำเหล่าตั๊กลัก
• ตลาดน้ำหลักห้า หรือ ตลาดน้ำคลองโพธิ์หัก
• ตลาดน้ำบ้านแพ้ว