จุดเริ่มต้นของคลองดำเนินสะดวกเริ่มขึ้นเมื่อพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 ได้ทรงพระราชดำริ เห็นว่าการคมนาคมที่ไปมาระหว่างพระนครกับสมุทรสาครมีคลองภาษีเจริญที่ทำการสัญจรไปมาได้สะดวก แต่ถ้ามีคลองระหว่างกรุงเทพฯ สมุทรสงคราม และราชบุรีก็จะสะดวกขึ้นอีกเป็นอันมาก[1] โดยอาศัยแม่น้ำแม่กลองและแม่น้ำท่าจีนเป็นสื่อกลางในการขุดคลองเชื่อม

ในปีขาล อัฐศก จ.ศ.1228 ร.ศ.85 ตรงกับปี พ.ศ. 2409 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) ที่พระสมุหกลาโหม เป็นผู้อำนวยการขุดคลอง[1] ที่เชื่อมจากแม่น้ำท่าจีนเริ่มจากปากคลองบางยาง ตำบลบางยาง อำเภอกระทุ่มแบน จังหวัดสมุทรสาคร กับแม่น้ำแม่กลอง ตำบลบางนกแขวก อำเภอบางคนที จังหวัดสมุทรสงคราม[2] โดยมีสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ เป็นผู้ควบคุมดูแล และใช้กำลังของทหาร ข้าราชการ ชาวบ้าน และชาวจีนร่วมกันขุด โดยใช้กำลังของคนล้วนๆ ใช้วิธีขุดระยะหนึ่งแล้วเว้นไว้ระยะหนึ่ง ให้น้ำเซาะดินที่ไม่ได้ขุดพังไปเองเมื่อขุดคลองสำเร็จแล้ว จึงนำแผนขึ้นทูลเกล้า ถวายพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 ซึ่งทรงเห็นว่าเป็นคลองที่มีเส้นตรง ได้รับความสะดวกในการสัญจร จึงพระราชทานนามคลองที่ขุดใหม่นี้ว่า “ คลองดำเนินสะดวก ” และได้ทำพิธีเปิดใช้คลองนี้เมื่อวันจันทร์ เดือน 7 ขึ้น 4 ค่ำ จ.ศ.1230 ร.ศ.87 ตรงกับวันที่ 25 พฤษภาคม พ.ศ. 2411 [3]

หลังจากนั้นมา ตลิ่งก็ถูกน้ำกัดเซาะ ซึ่งเป็นผลจากคลื่นเรือประเภทต่างๆ ทำให้คลองขยายกว้างเป็น 10 วาถึง 20 วา[1] ด้วยขนาดและความยาวของคลอง ประกอบกับเป็นคลองตัดตรงไปยังหลายพื้นที่ ทำให้มีเจ้านายผู้ใหญ่และชาวบ้านมากมายมาจับจองที่ดินซึ่งรกร้าง พร้อมขุดคลองซอยแยกเข้าสู่พื้นที่ของตน พื้นที่รกร้างเหล่านั้นจึงกลายเป็นเรือกสวนไร่นาในเวลาต่อมา