ช่วงต้นอาณาจักรอยุธยา ได้มีชาวจีนเข้ามาตั้งชุมชนนอกเกาะเมือง ได้แก่บริเวณแหลมบางกะจะ คลองสวนพลู และปากน้ำแม่เบี้ย จนประชาคมเริ่มขยายตัวขึ้น ผู้คนจึงหลั่งไหลข้ามมาตั้งถิ่นฐานบนเกาะเมืองบริเวณหลังป้อมเพชร กลายเป็นชุมชนชาวจีนขนาดใหญ่ ดังสังเกตได้จากโบราณสถาน วัดร้าง สุสาน และโบราณวัตถุจำนวนมากเรียงรายตามฝั่งคลอง[3] ในช่วงเวลานี้ได้มีการก่อตั้งกรมท่าซ้าย มีขุนนางตำแหน่งออกญาโชฎึกราชเศรษฐี เป็นผู้ปกครองชาวเอเชียจากบูรพาทิศ อันได้แก่ จีน ญี่ปุ่น รีวกีว ญวน และฟอร์โมซา โดยอยู่ภายใต้การปกครองของออกญาศรีธรรมราช เสนาบดีพระคลังสินค้า ด้วยเหตุนี้จึงมีการขุดคลองในไก่ขึ้น เพื่อเป็นเส้นทางสัญจรระหว่างชุมชนชาวจีนกับชุมชนอื่น ๆ ในเกาะเมือง[3] ชาวจีนที่อาศัยแถบคลองในไก่นี้ส่วนใหญ่เป็นฮกเกี้ยนซึ่งเป็นกลุ่มชนชั้นผู้ดี[4] และชาวจีนกลุ่มดังกล่าวนี้ก็มีส่วนร่วมกับสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีในการต่อสู้ศึกและฟื้นฟูอาณาจักรในเวลาต่อมาด้วยมองว่าตนเป็นส่วนหนึ่งของกรุงศรีอยุธยา[3]

ในอดีตย่านในไก่ถือเป็นย่านการค้าขนาดใหญ่ที่สำคัญของชาวจีนในอยุธยา มีทั้งตลาดใหญ่และตลาดน้อยตั้งอยู่ริมสองฝั่งคลองในไก่ ถือเป็นชุมชนจีนประจำเมือง (China Town) ของอยุธยา แต่ปัจจุบันตลาดทั้งสองแห่งนั้นไม่มีแล้ว[5][6] และยังมีความสำคัญอีกอย่างด้วยเป็นที่ตั้งของเคหสถานเดิมในพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก ที่ในหนังสืออภินิหารบรรพบุรุษและพระราชหัตถเลขาของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงระบุไว้เพียงว่าอยู่บริเวณวัดสุวรรณดารารามไปจนถึงป้อมเพชรและคลองในไก่[5][7][8] ซึ่งพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกก็ทรงสืบเชื้อสายฮกเกี้ยนจากชุมชนวัดสุวรรณดารารามฝั่งตะวันออกของคลองในไก่นี้[4]

คลองในไก่ได้รับการพัฒนาในช่วงรัฐบาลจอมพล แปลก พิบูลสงคราม ที่มีการตัดถนนเลียบคลองและปลูกต้นมะขามเรียงราย และเรียกถนนสายนี้ว่า "ถนนคลองมะขามเรียง" และถูกไปเรียกเป็นชื่อคลองด้วยว่า "คลองมะขามเรียง"[3] ปัจจุบันคลองในไก่และคลองฉะไกรใหญ่ถือเป็นสองคลองบนเกาะเมืองที่สามารถรอดพ้นการบุกรุกหรือถมที่จากราษฎรไปได้[9]