ในประเทศเปรู ชาวพื้นเมืองได้สกัดเปลือกของต้นซิงโคนา (Cinchona officinalis)[43] และใช้สารสกัด เพื่อต่อสู้กับอาการหนาวสั่นและเป็นไข้ในช่วงคริสต์ศตวรรษที่สิบเจ็ด ต่อมาในปี ค.ศ.1633 (พ.ศ. 2175-2176) ยาสมุนไพรนี้ได้รับการแนะนำในยุโรป ซึ่งมีการใช้ในสรรพคุณเดียวกันอย่างแพร่หลายและเริ่มนำมาใช้ในการต่อต้านมาลาเรีย[44] สารควิโนลีน ในยาต้านมาลาเรียควินิน ถูกแยกออกจากสารสกัดในปี ค.ศ.1820 (พ.ศ. 2362-2363) และคลอโรควินเป็นอะนาล็อกของควิโนลีน

คลอโรควิน ถูกค้นพบในปี ค.ศ. 1934 (พ.ศ. 2476-2477) โดยฮานส์ อันเดอร์ซัก (Hans Andersag) และเพื่อนร่วมงานในห้องทดลองของไบเออร์ในบริษัทอุตสาหกรรมอิกิ ฟาร์บึน (I.G. Farbenindustrie) ในเมืองเอเบอร์เฟล์ด (Elberfeld) ซึ่งตั้งชื่อว่า "Resochin"[45] ซึ่งถูกเพิกเฉยเป็นเวลากว่าสิบปีเพราะได้รับพิจารณาว่าเป็นพิษต่อมนุษย์มากเกินไป แทนที่จะใช้คลอโรควิน อะนาล็อกของคลอโรควินคือ 3-methyl-chloroquine (Sontochin) ถูกใช้โดยกองทัพน้อยแอฟริกาของเยอรมัน (DAK) หลังจากกองกำลังพันธมิตรมาถึงเมืองตูนิส Sontochin ได้ถูกครอบครองโดยกองทัพสหรัฐ และได้ส่งกลับไปยังสหรัฐอเมริกาเพื่อทำการวิเคราะห์ นำไปสู่การค้นพบคลอโรควินอีกครั้ง [43] [44] การทดลองทางคลินิกที่รัฐบาลสหรัฐอเมริกาให้การสนับสนุน สำหรับการพัฒนายาต้านมาลาเรียแสดงให้เห็นอย่างชัดเจนว่า คลอโรควินมีคุณค่าการรักษาที่สำคัญในฐานะยาต้านมาลาเรีย โดยได้ถูกนำเข้าสู่การปฏิบัติทางคลินิกในปี พ.ศ. 2490 สำหรับการรักษาโรคมาลาเรีย[46]