ยามีผลข้างเคียงต่อ กล้ามเนื้อร่วมประสาท, การได้ยิน, สุขภาพจิต, ระบบทางเดินอาหาร, สมอง, ผิวหนัง, ตา, ช้ำ/ เลือดออกง่าย, หลอดเลือดหัวใจ (หายาก) และปฏิกิริยาในเลือด[15][16][17]

• ชัก[15]
• หูหนวกหรือหูอื้อ[16]
• คลื่นไส้, อาเจียน, ท้องร่วง, ปวดท้องและเบื่ออาหาร[16]
• ปวดศีรษะชั่วคราวและไม่รุนแรง[16]
• การเปลี่ยนแปลงทางจิตใจ/ อารมณ์ (เช่น ความสับสน, การเปลี่ยนแปลงบุคลิกภาพ, ความคิด/ พฤติกรรมที่ผิดปกติ, ภาวะซึมเศร้า, ความรู้สึกว่าถูกเฝ้าดู, ประสาทหลอน)[16][17]
• อาการคันผิวหนัง, ริมฝีปาก/ เล็บ/ ผิวหนังซีด, ผมร่วง และผื่นที่ผิวหนัง[17][18]
  • อาการคันที่เกิดจากคลอโรควินเป็นเรื่องธรรมดามากในหมู่ชาวแอฟริกันผิวสี (70%) แต่พบได้น้อยกว่าในเผ่าพันธุ์อื่น โดยจะเพิ่มขึ้นตามอายุและรุนแรงจนถึงขั้นหยุดการรักษาด้วยยา อาการโดยรวมจะแย่ลงในช่วงมีไข้จากมาลาเรีย โดยความรุนแรงของอาการมีความสัมพันธ์กับปริมาณปรสิตมาลาเรียในเลือด หลักฐานบางอย่างบ่งชี้ว่ามีพื้นฐานจากทางพันธุกรรม และเกี่ยวข้องกับการกระทำของคลอโรควินกับโอปิออยด์ รีเซพเตอร์ (Opioid receptor) จากระบบประสาทส่วนกลางหรือส่วนปลาย[19]
• รสชาติโลหะที่ไม่พึงประสงค์
  • อาการนี้สามารถหลีกเลี่ยงได้ด้วยสูตรยาซึ่ง "กลบการรับรสและควบคุมการปลดปล่อยยา" เช่นการใช้อิมัลชันหลายตัว[20]
• โรคจอตาเหตุจากคลอโรควิน
  • อาจผันกลับไม่ได้[15] สิ่งนี้เกิดขึ้นกับการใช้ยาในระยะยาวเป็นเวลาหลายปีหรือในปริมาณสูง ผู้ป่วยที่ได้รับการรักษาด้วยคลอโรควินระยะยาวควรได้รับการตรวจคัดกรองในระยะเริ่มต้นและในทุก ๆ ห้าปีหลังจากการใช้ยา[21] ผู้ป่วยควรได้รับการคัดกรองสำหรับการมองเห็นที่เปลี่ยนแปลง เช่น การเห็นภาพเบลอ, การโฟกัสยาก หรือมองเห็นวัตถุเพียงครึ่งหนึ่ง[15]
• ความดันโลหิตต่ำและการเปลี่ยนแปลงคลื่นไฟฟ้าหัวใจ[15][22]
  • เป็นที่ประจักษ์ว่าคลอโรควินทั้งก่อให้เกิดการรบกวนการนำไฟฟ้าหัวใจ (การปิดกั้นทางเดินของคลื่นกระแสไฟฟ้าหัวใจ (Bundle-branch block), การปิดกั้นหัวใจห้องบนและล่าง (Atrioventricular block)) หรือก่อให้เกิดพยาธิสภาพของกล้ามเนื้อหัวใจ (Cardiomyopathy) - มักจะเกิดพร้อมกับภาวะหัวใจโต, กล้ามเนื้อหัวใจแข็งตัว และภาวะหัวใจล้มเหลว การเปลี่ยนแปลงอาจไม่สามารถย้อนกลับได้ มีรายงานผู้ป่วยเพียงสองรายเท่านั้นที่ต้องทำการปลูกถ่ายหัวใจ ซึ่งพิจารณาว่ามีความเสี่ยงต่ำมากสำหรับกรณีนี้ การตรวจชิ้นเนื้อหัวใจด้วยกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน แสดงให้เห็นอาการบ่งโรคในอินคลูชั่นบอดี ในไซโทพลาซึมของเซลล์
• ภาวะขาดเม็ดเลือดทุกชนิด (Pancytopenia), โรคโลหิตจางจากไขกระดูกฝ่อ (Aplastic anemia), ภาวะเม็ดเลือดขาวแกรนูโลไซต์ต่ำเฉียบพลัน แบบชั่วคราว (Reversible agranulocytosis), เกล็ดเลือดต่ำ, ภาวะเม็ดเลือดขาวนิวโทรฟิลต่ำ (Neutropenia)[23]

ในหญิงมีครรภ์

คลอโรควิน ไม่แสดงว่ามีผลกระทบที่เป็นอันตรายต่อทารกในครรภ์เมื่อใช้ในการป้องกันโรคมาลาเรีย[24] คลอโรควินจำนวนเล็กน้อยถูกขับออกมาในน้ำนมแม่ในการให้นมบุตร อย่างไรก็ตามเนื่องจากยานี้สามารถจ่ายให้กับทารกได้อย่างปลอดภัย ผลกระทบจึงไม่เป็นอันตราย การศึกษากับหนูทดลองแสดงให้เห็นว่าคลอโรควินที่มีการติดเครื่องหมายด้วยกัมมันตภาพรังสี ผ่านไปยังรกอย่างรวดเร็วและสะสมในดวงตาของทารกในครรภ์ ซึ่งยังคงมีอยู่ห้าเดือนหลังจากที่ยาถูกกำจัดออกจากส่วนอื่น ๆ ของร่างกาย[23][25] ยังคงมีคำแนะนำให้ป้องกันหญิงที่กำลังตั้งครรภ์หรือวางแผนที่จะตั้งครรภ์ ไม่ให้เดินทางไปยังภูมิภาคที่มีความเสี่ยงกับโรคมาลาเรีย[24]

ในผู้สูงอายุ

ไม่มีหลักฐานเพียงพอที่จะพิจารณาว่าคลอโรควินนั้น ปลอดภัยสำหรับผู้ที่มีอายุ 65 ปีขึ้นไปหรือไม่ อย่างไรก็ตามยาจะถูกกำจัดออกทางไต และควรมีการตรวจสอบความเป็นพิษอย่างรอบคอบในผู้ที่มีการทำงานของไตไม่ดี[23]