มีเหตุหลายอย่างที่ลดความผันแปรได้ของยีนในกลุ่มประชากรหนึ่ง

• การเสียที่อยู่อาศัย รวมทั้ง
  • การแบ่งซอยที่อยู่ (habitat fragmentation) ที่สร้างความไม่ต่อเนื่องกันของที่อยู่อาศัย ทำให้การผสมพันธุ์กันเป็นไปได้ยาก ซึ่งมีเหตุหลายอย่าง รวมทั้งเหตุการณ์ทางธรณีวิทยาหรือที่มนุษย์สร้างขึ้น การแบ่งซอยที่อยู่ยังอาจช่วยให้การเปลี่ยนความถี่ยีนอย่างไม่เจาะจงลดความหลากหลายทางพันธุกรรมของสิ่งมีชีวิตในพื้นที่ได้อีกด้วย
  • การเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศอย่างรุนแรง จะขับสปีชีส์จากวิถีชีวิตหลัก (fundamental niche) และอาจลดขนาดกลุ่มประชากร และดังนั้น จึงลดความแตกต่างทางพันธุกรรม
• การเกิดปรากฏการณ์ผู้ก่อตั้งที่กลุ่มประชากรหนึ่งตั้งขึ้นโดยสิ่งมีชีวิตเพียงไม่กี่หน่วย