หัวเมืองมลายู ได้แก่ เมืองปัตตานี ไทรบุรี กลันตัน และ ตรังกานู เคยเป็นเมืองขึ้นของไทยมาตลอดสมัยกรุงศรีอยุธยา เพิ่งมาแยกตัวเมื่อกรุงศรีอยุธยาแตก เมื่อปี พ.ศ. 2310 ส่วนเมืองปัตตานี และ ไทรบุรี ในตอนต้นสมัยกรุงธนบุรีนั้น ยังสวามิภักดิ์อยู่ เพิ่งมาแข็งข้อทีหลัง สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชทรงตีได้เมืองนครศรีธรรมราช สงขลา พัทลุง แต่มิได้ยกทัพไปตีเมืองมลายู มีแต่คิดอุบายให้เจ้าพระยานครศรีธรรมราชไปยืมเงินเมืองปัตตานี และไทรบุรี สำหรับที่จะซื้อเครื่องศัตราวุธเมืองละ 1,000 ชั่ง เพื่อหยั่งท่าทีพระยาไทรบุรี และ พระยาปัตตานี ดูว่าจะทำประการใด แต่ทั้งสองเมืองไม่ยอมให้ขอยืม สมเด็จพระเจ้าตากสินก็มิได้ทรงยกทัพไปตี เพราะทรงพิจารณาเห็นว่า ขณะนั้นเป็นการเกินกำลังของพระองค์ที่จะยกทัพไปปราบ จึงปล่อยให้หัวเมืองมลายูเป็นอิสระ