คอเลสไตรามีนสามารถเกิดอันตรกิริยาระหว่างยากับยาอื่นได้หลายชนิด ได้แก่:[3][22]

• ดิจิทาลิส (Digitalis)
• เอสโตรเจน (Estrogens) และโปรเจสติน (progestins)
• ยารักษาโรคเบาหวานชนิดรับประทาน (Oral antidiabetes drugs)
• เพนิซิลิน จี (Penicillin G)
• ฟีโนบาร์บิทัล  (Phenobarbital)
• สไปโนโรแลคโตน  (Spironolactone)
• เตตราไซคลีน  (Tetracycline)
• ยาเม็ดที่ออกฤทธ์คล้ายยาขับปัสสาวะกลุ่มไทอะไซด์ (Thiazide-type diuretic pills)
• ยารักษาโรคไทรอยด์
• วาร์ฟาริน (Warfarin)
• เลฟลูโนไมด์ (Leflunomide)

อันตรกิริยาระหว่างยาที่เกิดขึ้นส่วนใหญ่มักมีความเสี่ยงมาจากการที่คอเลสไตรามีนลดการดูดซึมยาดังข้างต้น[25][21] แต่ไม่มีผลต่อระยะเวลาในการรักษา อย่างไรก็ตาม แพทย์ผู้รักษาควรพิจารณาประเมินช่วงระยะเวลาในการบริหารยาให้เหมาะสม หากมีความจำเป็นต้องมีการใช้ยาดังข้างต้นอย่างต่อเนื่อง การใช้ยาคอเลสไตรามีนในขนาดที่สูงทำให้เพิ่มความเสี่ยงต่อการเกิดการอุดกั้นของลำไส้และกระเพาะอาหารได้[21]

คอเลสไตรามีนอาจมีผลรบกวนการดูดซึมวิตามินที่ละลายในไขมัน ได้แก่ วิตามินเอ, วิตามินดี, วิตามินอี และวิตามินเค และยังไม่มีคำแนะนำเพิ่มเติมใดๆสำหรับการใช้คอเลสไตรามีนในผู้ที่ดื่มเครื่องดื่มแอลกอฮอล์[21][3]