ยากลุ่มไบล์แอซิดซีเควสแตรนต์ อย่างคอเลสไตรามีนเป็นยากลุ่มแรกที่ถูกนำมาใช้ในการรักษาภาวะคอเรสเตอรอลในเลือดสูง แต่ภายหลังจากมีการค้นพบยากลุ่มสแตติน ทำให้มีการใช้ยากลุ่มไบล์แอซิดซีเควสแตรนต์สำหรับลดระดับคอเลสเตอรอลในเลือดลดน้อยลง อย่างไรก็ตามคอเลสไตรามีนยังถูกใช้ในการบรรเทาอาการคันอันเนื่องมาจากท่อน้ำดีอุดตันบางส่วน (cholestasis)  ทำให้ปริมาณสารให้สีเหลืองหรือบิลลิรูบิน (bilirubin) ในร่างกายมากเกินไป ทำให้ไม่สามารถกำจัดออกได้[3]

คอเลสไตรามีนมักถูกเลือกใช้ในการรักษาภาวะท้องเสียที่มีสาเหตุมาจากการดูดซึมน้ำดีกลับผิดปกติ (bile acid malabsorption)[4] นอกจากนี้แล้วคอเลสไตรามีนยังถูกใช้เพื่อรักษาภาวะท้องเสียในผู้ป่วยโรคลำไส้อักเสบโครห์น (Crohn's disease) ที่เคยได้รับการผ่าตัดลำไส้เล็กส่วนปลาย (ileal resection)[5][6][7] ทั้งนี้ เนื่องจากบริเวณลำไส้เล็กส่วนปลายเป็นส่วนที่มีการดูดซึมกลับของน้ำดีมากที่สุด เมื่อลำไส้ส่วนนี้ถูกตัดออกไป ทำให้การดูดซึมกลับของน้ำดีลดลงอย่างมีนัยสำคัญ น้ำดีเหล่านี้จะผ่านเข้าสู่ลำไส้ใหญ่ และกระตุ้นให้เซลล์โคโลโนไซต์ (colonocytes) หลั่งคลอไรด์ไอออนและสารน้ำออกมา โดยสารเหล่านี้จะทำให้อุจจาระอ่อนนุ่มและมีปริมาณน้ำมาเกินไป ซึ่งจะก่อให้เกิดภาวะท้องเสีย (secretory diarrhea) ได้ในที่สุด[7]  ซึ่งคอเลสไตรามีนจะสามารถป้องกันการเกิดความผิดปกติดังกล่าวได้ด้วยการเข้าไปจับกับกรดน้ำดีกลายเป็นสารประกอบเชิงซ้อนที่ไม่ละลายน้ำและไม่มีฤทธิ์กระตุ้นการหลั่งคลอไรด์ไอออนและสารน้ำจากเซลล์เยื่อบุลำไส้ใหญ่[1]

คอเลสไตรามีนยังถูกใช้ในการควบคุมอาการท้องเสียที่มีสาเหตุมาจากการมีความผิดปกติของกรดน้ำดีในรูปแบบอื่นๆ ประการแรกก็คือ ใช้ในการรักษาภาวะท้องเสียจากกรดน้ำดีที่ไม่ทราบสาเหตุ ซึ่งส่วนใหญ่ผู้ป่วยมักได้รับการวินิจฉัยผิดพลาดว่ามีภาวะลำไส้แปรปรวนชนิดท้องเสียเด่น (diarrhea-predominant irritable bowel syndrome; IBS-D) ซึ่งผู้ป่วยกลุ่มดังกล่าวส่วนใหญ่แล้วมักตอบสนองต่อการรักษาด้วยคอเลสไตรามีนได้เป็นอย่างดี[8] นอกจากนี้แล้ว คอเลสไตรามีนยังมีประโยชน์ในการรักษาอาการท้องเสียเรื้อรังในผู้ที่เพิ่งได้รับการผ่าตัดถุงน้ำดี (postcholecystectomy syndrome chronic diarrhea)[9][10] และยังสามารถใช้รักษาภาวะท้องเสียที่เกิดหลังจากการได้รับการผ่าตัดเส้นประสามสมองวากัส (Post-vagotomy diarrhea)[11][12]

คอเลสไตรามีนยังมีประโยชน์ในการรักษาการติดเชื้อ Clostridium difficile  ซึ่งเป็นเชื้อที่สามารถก่อให้เกิดอาการท้องเสียได้ โดยคอเลสไตรามีนจะออกฤทธิ์ดูดซับ toxins A และ B ที่เกิดจากเชื้อดังกล่าว ทำให้สามารถลดอาการท้องเสียและอาการอื่นที่เกิดจากสารพิษทั้งสองชนิดนั้นได้ อย่างไรก็ตาม เนื่องจากคอเลสไตรามีนไม่มีฤทธิ์ในการฆ่าเชื้อดังกล่าว การรักษาภาวะนี้จึงจำเป็นต้องให้ร่วมกับยาปฏิชีวนะ เช่น แวนโคมัยซิน (Vancomycin) เป็นต้น[3][13]

นอกจากนี้ คอเลสไตรามีนยังถูกเพื่อเร่งการกำจัดยาเลฟลูโนไมด์ (leflunomide) หรือ เทอริฟลูโนไมด์ (teriflunomide) ออกจากร่างกายในผู้ที่เกิดจำเป็นต้องหยุดการใช้ยาดังกล่าวเนื่องจากเกิดอาการข้างเคียงที่รุนแรงจากยาทั้งสองชนิดดังข้างต้น[14][15]

มีรายงานว่าคอเลสไตรามีนอาจมีประโยชน์ในการรักษาการเกิดพิษจากสาหร่ายสีเขียวแกมน้ำเงิน (cyanobacteria) ในสุนัข ซึ่งมักมีสาเหตุมาจากสารพิษกลุ่มหนึ่งที่มีชื่อว่า ไมโครซิสทิน (microcystin) ซึ่งเป็นพิษต่อตับ[16][17]

นอกจากนี้แล้ว ยังมีการใช้ขี้ผึ้ง (Ointments) ที่มีส่วนผสมของสารประกอบคอเลสไตรามีนที่มีกลิ่นทาเพื่อรักษาผื่นผ้าอ้อมในเด็กแรกเกิดและเด็กวัยเตาะแตะ (1-3 ปี)[18]