อาการไม่พึงประสงค์ที่เกิดจากคอเลสไตรามีนที่พบได้บ่อยที่สุด คือ ท้องผูก[22] ซึ่งขึ้นกับปริมาณที่รับประทาน และอายุ อาการข้างเคียงอื่นนอกจากนี้ เช่น[21]

• ปวดท้อง แน่นท้อง คลื่นไส้อาเจียน
• เลือดออกง่าย จ้ำเลือด
• ลมพิษ หอบหืด
• ปวดศีรษะ เวียนศีรษะ
• ปัสสาวะเป็นเลือด
• ระดับไตรกลีเซอไรด์ในเลือดเพิ่มสูงขึ้น

ผู้ที่ใช้ยาขนาดสูงเป็นเวลานานหรือคนสูงอายุ อาจมีอาการท้องผูก แนะนำให้เพิ่มอาหารที่มีกากใยและดื่มน้ำมาก ๆ หากเป็นรุนแรงควรปรึกษาแพทย์ อาการท้องอืด คลื่นไส้ อาเจียน เบื่ออาหาร ท้องเสีย อาจหายไปได้เมื่อใช้ยาต่อไปอีกระยะหนึ่ง แต่ถ้าไม่หายหรือรุนแรงขึ้น ให้หยุดยาแล้วพบแพทย์[23]

ผู้ป่วยที่มีประวัติผ่าตัดบริเวณช่องท้องควรใช้คอเลสไตรามีนอย่างระมัดระวัง เนื่องจากมีรายงานว่ายาดังกล่าวสามารถก่อให้เกิดภาวะลำไส้อุดตันได้[24][25][21]

ผู้ป่วยที่เป็นโรคขาดไทรอยด์ฮอร์โมน (hypothyroidism), เบาหวาน (diabetes), กลุ่มอาการเนโฟรติค (nephrotic syndrome), ภาวะมีปริมาณโปรตีนบางชนิดในเลือดสูงผิดปกติ (dysproteinemia), ท่อน้ำดีอุดตัน (obstructive liver disease), โรคไตเรื้อรัง (kidney disease), หรือผู้ป่วยที่ติดสุราเรื้อรัง (alcoholism) ควรปรึกษาแพทย์ก่อนใช้ยานี้[22] ส่วนการใช้ยาชนิดอื่นๆร่วมกับคอเลสไตรามีนนั้นควรับประทานยาเหล่านั้นก่อนคอเลสไตรามีนอย่างน้อย 1 ชั่วโมง หรืออย่างน้อย 4-6 ชั่วโมงหลังจากรับประทานคอเลสไตรามีน เพื่อป้องกันผลจากคอเลสไตรามีนที่อาจทำให้การดูดซึมยาเหล่านั้นลดน้อยลง ผู้ที่มีภาวะพร่องเอนไซม์ย่อยสลายกรดอะมิโนฟีนิลอะลานีนหรือโรคฟีนิลคีโตนูเรีย (Phenylketonuria; PKU) ควรปรึกษาแพทย์ก่อนใช้คอเลสไตรามีนที่มีส่วนผสมของฟีนิลอะลานีน เช่น ผลิตภัณฑ์ภายใต้ชื่อการค้า Questran Light เนื่องจากจะทำให้อาการของโรคแย่ลงได้