ปัจจุบันประเทศไทย เชื่อว่าจระเข้ที่ยังคงสถานะในธรรมชาติหลงเหลืออยู่ที่คลองระบม-สียัด เขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าเขาอ่างฤๅไน จังหวัดฉะเชิงเทรา ในอดีตมีนายพรานจากประเทศเวียดนามเข้ามาล่า ทำให้จระเข้หายไปจากป่าต้นน้ำคลองระบม-สียัด จนในปี พ.ศ. 2535 นายกิตติ กรีติยุตานนท์ ผู้ช่วยหัวหน้าสถานีวิจัยสัตว์ป่าฉะเชิงเทรา ได้พบจระเข้น้ำจืดในพื้นที่ดังกล่าว แต่คาดว่าเหลือไม่เกิน 5 ตัว[3] ปัจจุบันพบเพียงตัวผู้เพียงตัวเดียว[4]

ในอุทยานแห่งชาติแก่งกระจาน จังหวัดเพชรบุรี มีอยู่ประมาณ 5 ตัว เชื่อกันว่าเป็นเพศเมียทั้งหมด[5] แต่หลังจากในปี พ.ศ. 2552 ได้พบการวางไข่ของจระเข้กลุ่มดังกล่าว แต่ไข่กลับไม่ได้รับการผสม[6][7]

• ในบึงบอระเพ็ด จังหวัดนครสวรรค์ มีจระเข้ราว 50 ตัว (คาดการณ์)[8] ปัจจุบันสามารถเห็นได้ชัด 1 ตัว บริเวณที่ทำการบึงบอระเพ็ดมักขึ้นมาแสดงตัวกับนักท่องเที่ยว พบแหล่งวางไข่บนเกาะวัดและเกาะ ดร.สมิท จำนวน 2 ตัว บริเวณคลองบึงบอระเพ็ดจำนวน 1–2 ตัว ฯลฯ และส่วนต่าง ๆ ในบริเวณบึงบอระเพ็ดที่ครอบคลุม 3 อำเภอ ในบึงบอระเพ็ดสามารถพบเห็นจระเข้ได้ตั้งแต่ขนาดเล็กไปจนถึงขนาดใหญ่

• ในอุทยานแห่งชาติทุ่งแสลงหลวง มีจระเข้อย่างน้อย 3 ตัว ที่บ้านคลองชมพู อำเภอเนินมะปราง จังหวัดพิษณุโลก ซึ่งเป็นประชากรจระเข้กลุ่มเดียวในไทยที่ยังมีการผสมพันธุ์ตามธรรมชาติอยู่ และไม่มีประวัติการทำร้ายผู้คน[9][10]

• ในอุทยานแห่งชาติปางสีดา จังหวัดสระแก้ว มีจระเข้อยู่ประมาณ 10 ตัว ทั้งเพศผู้และเพศเมีย[5] ซึ่งเป็นการทดลองปล่อยจระเข้น้ำจืดไทยจากแหล่งเพาะเลี้ยงไปสู่ธรรมชาติ แต่ยังสรุปผลไม่ได้ ว่าจระเข้ดังกล่าวจะปรับตัวสู่ธรรมชาติได้หรือไม่[9]

• มีการรายงานว่าพบจระเข้ในเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่ายอดโดม จังหวัดอุบลราชธานี[11]

• มีการค้นพบร่องรอยจระเข้ในอุทยานแห่งชาติทับลาน ซึ่งเป็นผืนป่าที่เชื่อมต่อกับปางสีดาและป่าภูเขียว[2]

• ในปี พ.ศ. 2556 มีการพบซากจระเข้น้ำจืดตัวหนึ่งและจระเข้ที่มีชีวิตอีกตัวหนึ่งในแม่น้ำชุมพรที่บ้านบางสมอ ตำบลตากแดด อำเภอเมืองชุมพร จังหวัดชุมพร สันนิษฐานว่าน่าจะเป็นจระเข้ตามธรรมชาติเนื่องจากกรงเล็บและเขี้ยวแหลมคม ในอดีตเมื่อ 50–60 ปีก่อนที่นี่เคยเป็นแหล่งอาศัยของจระเข้น้ำจืดที่ชุกชมมาก่อน แต่ต่อมาประชากรได้ลดจำนวนลง[12] เวลาต่อมาได้มีการสั่งประกาศจับเป็นหรือจับตายจระเข้อีกหนึ่งตัวที่เหลืออยู่[13]

จระเข้ในไทยในปัจจุบันคาดว่าในแต่ละแหล่งคงมีจระเข้หลงเหลือไม่เกิน 1–3 ตัว และไม่น่ามีการผสมพันธุ์กัน จระเข้ตามธรรมชาติของไทยจึงสุ่มเสี่ยงต่อการสูญพันธุ์[14] ล่าสุดมีการพบที่ลานหินตาด ภายในอุทยานแห่งชาติปางสีดา จังหวัดสระแก้ว เมื่อปลายเดือนเมษายนและต้นเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2557 ด้วยหลักฐานภาพถ่ายและวีดิทัศน์ของนักท่องเที่ยวชาวสวิส คาดว่ามีความยาวประมาณ 1.3 เมตร โดยที่แห่งนี้เคยมีการค้นพบจระเข้น้ำจืดมาแล้วในอดีตเมื่อปี พ.ศ. 2537[15]