จอน อึ๊งภากรณ์ได้รับรางวัลแมกไซไซ สาขาบริการรัฐกิจ ประจำปี ค.ศ. 2005 (พ.ศ. 2548) จากการประกาศเมื่อวันที่ 1 สิงหาคม พ.ศ. 2548 และเข้ารับรางวัลที่กรุงมะนิลา ประเทศฟิลิปปินส์ ในวันที่ 31 สิงหาคม ปีเดียวกัน เป็นที่น่าสังเกตว่าจอนได้รับรางวัลแมกไซไซ สาขาเดียวกันกับศาสตราจารย์ป๋วย อึ๊งภากรณ์ ผู้เป็นบิดา ซึ่งได้รับรางวัลนี้เมื่อ พ.ศ. 2508