เมื่อ พ.ศ. 2523 ได้ก่อตั้งโครงการอาสาสมัครเพื่อสังคม (ภายหลังจัดตั้งเป็น มูลนิธิอาสาสมัครเพื่อสังคม) เพื่อสร้างบัณฑิตอาสาสมัคร ให้ช่วยเหลือคนยากจนในชนบท และทำงานร่วมกับองค์กรพัฒนาเอกชน (เอ็นจีโอ) จอนยังมีส่วนช่วยองค์กรพัฒนาเอกชนที่ตั้งขึ้นใหม่ ให้มีการบริหารจัดการที่ดี และช่วยเหลือด้านเงินทุนสำหรับโครงการต่าง ๆ และมีส่วนในการประสานภาคประชาสังคมเข้าด้วยกัน

เมื่อ พ.ศ. 2534 จอนได้ก่อตั้ง มูลนิธิเข้าถึงเอดส์ ริเริ่มการให้คำปรึกษาแก่ผู้ติดเชื้อเอชไอวี/เอดส์ และครอบครัวของผู้ป่วยเหล่านั้น เพื่อต่อสู้เรื่องปัญหาการรังเกียจและเข้าใจผู้ป่วยเหล่านี้ผิด และพยายามให้ความรู้ในเรื่องสิทธิผู้ป่วยที่จะได้รับการรักษาอย่างเต็มที่และมีประสิทธิภาพ

เมื่อ พ.ศ. 2543 จอน อึ๊งภากรณ์ได้รับการเลือกตั้งเป็นสมาชิกวุฒิสภากรุงเทพมหานคร แม้ว่าในขณะนั้นจอนยังเป็นที่รู้จักในหมู่ประชาชนทั่วไปไม่มากนักก็ตาม ทั้งนี้ก็เพื่อจะได้มีโอกาสในการสร้างความเข้าใจกับสังคมและมีโอกาสในการทำงานเพื่อสังคมให้มากขึ้น ทั้งนี้จอนได้เป็นเลขานุการคณะกรรมาธิการการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ วุฒิสภา และเป็นประธานคณะอนุกรรมาธิการหลักประกันทางสังคม ของวุฒิสภาด้วย ครั้นเมื่อเมื่อปี พ.ศ. 2547 ก็ได้ร่วมกับกลุ่มเพื่อนก่อตั้งหนังสือพิมพ์ออนไลน์อิสระ ชื่อ ประชาไท