จอน เป็นบุตรชายคนโตของศาสตราจารย์ ป๋วย อึ๊งภากรณ์ และนางมากาเร็ต สมิธ เกิดเมื่อวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2490 ที่กรุงลอนดอน อังกฤษ สหราชอาณาจักร จบการศึกษาวิศวกรรมอิเล็กทรอนิกส์ จากมหาวิทยาลัยซัสเซ็กส์ (Sussex) ที่อังกฤษ แต่กลับมาใช้ชีวิตในเมืองไทย เข้าทำงานเป็นอาจารย์สอนนักศึกษาแพทย์ในมหาวิทยาลัยมหิดล เป็นเวลา 5 ปี แต่จากเหตุการณ์ความรุนแรงทางการเมืองในช่วง พ.ศ. 2516–19 ทำให้เขาหันมาสนใจประเด็นปัญหาทางสังคม