ภาพวาดเหตุการณ์ลอบปลงพระชนม์พระมเหสีมินจากคำบอกเล่า ตีพิมพ์ในหนังสือพิมพ์ของฝรั่งเศส "Le Journal Illustré" ค.ศ. 1895คนร้ายชาวญี่ปุ่นในคดีลอบปลงพระชนม์พระมเหสีมินริ้วกระบวนในพระราชพิธีพระศพของพระมเหสีมิน ค.ศ. 1897

ฝ่ายจักรวรรดิญี่ปุ่นได้เล็งเห็นแล้วว่า พระมเหสีมินทรงเป็นอุปสรรคที่สำคัญที่สุดในการแผ่ขยายอิทธิพลของญี่ปุ่นเข้าไปในเกาหลี ตราบใดที่พระมเหสีมินยังมีพระชนม์ชีพอยู่ญี่ปุ่นก็ไม่อาจเข้ายึดครองเกาหลีได้ มิอุระ โกโร (ญี่ปุ่น: 三浦梧楼 โรมาจิ: Miura Gorō) เอกอัครราชทูตญี่ปุ่นประจำเกาหลีในขณะนั้น จึงวางแผนการลอบปลงพระชนม์พระมเหสีมิน โดยให้ชื่อปฏิบัติการนี้ว่า การปฏิบัติการฟอกซ์ฮันท์ (Operation Fox Hunt) ในวันที่ 8 ตุลาคม ค.ศ. 1895 มิอุระ โกโร ได้นำทหารผสมชาวญี่ปุ่นและเกาหลีเข้าบุกพระราชวังคยองบก ควบคุมองค์พระเจ้าโคจงและองค์ชายรัชทายาทเอาไว้ และเข้าปลงพระชนม์พระมเหสีมินที่ตำหนักอ๊กโฮรู (เกาหลี: 옥호루) แต่ไม่เคยมีใครทราบหรือเห็นเหตุการณ์การลอบปลงพระชนม์หรือมีการบันทึกไว้แต่อย่างใด

ในพ.ศ. 2509 มีการค้นพบเอกสารบันทึกของนายอิชิซุกะ เอย์โจ[2] (ญี่ปุ่น: 石塚英藏 โรมาจิ: Ishizuka Eijō) ผู้เป็นหนึ่งในผู้ก่อการลอบปลงพระชนม์พระมเหสีมิน โดยนายอิชิซุกะระบุว่าทูตมิอุระโกโรเป็นผู้วางแผนการณ์ โดยอาศัยความร่วมมือจากทหารญี่ปุ่นที่อารักขาพระราชวังคยองบกขณะนั้นในการเข้าถึงองค์พระมเหสี เมื่อทหารญี่ปุ่นบุกถึงองค์พระมเหสีแล้วจึงแทงพระมเหสีด้วยดาบหลายครั้งจนสิ้นพระชนม์ จากนั้นปลดฉลองพระองค์ของพระมเหสีออกจนพระวรกายเปลือยเปล่า กระทำการลบหลู่พระเกียรติต่างๆ นำพระศพไปแสดงให้แก่ข้าราชการชาวรัสเซียในพระราชวังได้เห็น จากนั้นจึงนำพระศพไปยังป่าสนในพระราชวัง แล้วจึงจุดไฟเผาพระศพของพระมเหสีมิน เมื่อเสร็จสิ้นแล้วจึงนำพระอัฐิไปโปรยตามที่ต่างๆในพระราชวัง

ในพ.ศ. 2546 มีการค้นพบเอกสารบันทึกของสถาปนึกชาวรัสเซียชื่อว่า อะฟานาซ๊ เซอเรอดิน-ซาบาติน (Afanasy Seredin-Sabatin) ผู้เห็นเหตุการณ์ลอบสังหารพระมเหสีมินโดยทหารญี่ปุ่น ในบริเวณพระตำหนักของพระมเหสีนั้นเต็มไปด้วยทหารญี่ปุ่นประมาณยี่สิบถึงยี่สิบห้าคน พวกเขาแต่งกายด้วยชุดประหลาดและมีดาบไว้ในครอบครองซึ่งดาบของทหารบางนายนั้นสามารถมองเห็นได้ชัด ในขณะที่ทหารญี่ปุ่นส่วนหนึ่งลาดตระเวณตรวจค้นทุกซอกมุมของพระราชวัง มีการทหารญี่ปุ่นกลุ่มหนึ่งบุกเข้าไปในพระตำหนักของพระมเหสีและเข้าจับสตรีที่อยู่ในที่นั่นไว้ ข้าพเจ้ายังคงสังเกตการณ์ต่อไป พวกทหารนำสิ่งของต่างๆออกมาจากพระตำหนัก ทหารญี่ปุ่นสองคนลากนางในคนหนึ่งออกมาด้วยการดึงผม และลากนางในคนนั้นลงบันใดมา นอกจากนั้นทหารญี่ปุ่นคนหนึ่งถามข้าพเจ้าเป็นภาษาอังกฤษซ้ำๆว่า "พระมเหสีอยู่ที่ไหน ชี้พระมเหสีเดี๋ยวนี้" ขณะที่ข้าพเจ้ากำลังเดินผ่านพระตำหนักใหญ่ ข้าพเจ้าสังเกตว่าพระตำหนักใหญ่นั้นถูกห้องล้อมด้วยทหารญี่ปุ่นและข้าราชการเกาหลี แต่ข้าพเจ้าไม่อาจทราบได้ว่าข้างในนั้นมีเหตุการณ์ใดเกิดขึ้น [3]

นักประวัติศาสตร์เกาหลีเรียกเหตุการณ์ลอบปลงพระชนม์พระมเหสีมินว่า เหตุการณ์ปีอึลมี (เกาหลี: 을미사변) หลังจากเหตุการณ์พระเจ้าโคจงและเจ้าชายรัชทายาทเสด็จลี้ภัยยังสถานกงสุลรัสเซียในโซล ทางฝ่ายรัฐบาลญี่ปุ่นมีการตั้งข้อกล่าวหาแก่ราชทูตมิอุระโกโรและผู้ร่วมก่อการทั้งหมด แต่ทว่าทั้งหมดพ้นข้อกล่าวหาเนื่องจากไม่มีหลักฐานยืนยันการกระทำความผิด ต่อมาค.ศ. 1897 พระเจ้าโคจงทรงสถาปนาจักรวรรดิเกาหลี (Korean Empire) และจัดพิธีพระบรมศพให้แก่พระมเหสีมินอย่างสมพระเกียรติ โดยใช้ขบวนแห่พระบรมศพประกอบไปด้วยทหารกว่า 5,000 นาย แม้ว่าพระบรมศพที่หลงเหลืออยู่นั้นจะประกอบไปด้วยเพียงพระดัชนีหนึ่งเท่านั้น หลังสวรรคตไปแล้วพระมเหสีมินได้รับพระนามว่า สมเด็จพระราชินีมย็องซ็อง และต่อมาเมื่อพระเจ้าโคจงทรงปราบดาภิเษกเป็นพระจักรพรรดิควางมู พระมเหสีมย็องซ็องจึงได้รับการเลื่อนขึ้นเป็น สมเด็จพระจักรพรรดินีมย็องซ็องในที่สุด

การจากไปของจักรพรรดินีมย็องซ็องเป็นช่วงที่พระนางมีพระชนมายุ 43 พรรษาเท่านั้น[4]