จักรพรรดิอะเลคซันดร์ที่ 3 เสด็จสวรรคตเมื่อวันที่ 1 พฤศจิกายน พ.ศ. 2437 ณ พระราชวังลิวาเดีย ที่ประทับตากอากาศบนแหลมไครเมีย ขณะมีพระชนมพรรษาได้ 49 พรรษา สมเด็จพระจักรพรรดินีมาเรียทรงเขียนลงในสมุดบันทึกส่วนพระองค์ว่า "เราเสียใจและท้อใจอย่างที่สุด แต่เมื่อเราเห็นรอยยิ้มที่เปี่ยมสุขและความสงบบนใบหน้าของเขาตามมานั้น มันก็ทำให้เราเข้มแข็งมากขึ้น"[10] ในระยะเวลาที่ไม่สามารถปลอบโยนได้ของสมเด็จจักรพรรดินีมาเรีย เจ้าหญิงอเล็กซานดรา พระเชษฐภคินีและเจ้าชายแห่งเวลส์ (ต่อมาคือ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 7) พระเชษฐภรรดา(พี่เขย)ก็ได้เสด็จพระราชดำเนินมายังประเทศรัสเซียในอีกไม่กี่วันต่อมา เจ้าชายแห่งเวลส์ทรงวางกำหนดการพระราชพิธีพระบรมศพของจักรพรรดิอะเลคซันดร์ที่ 3 และพระราชพิธีราชาภิเษกสมรสสำหรับจักรพรรดินิโคลัสที่ 2 องค์พระประมุขแห่งรัสเซียพระองค์ใหม่กับเจ้าหญิงอลิกซ์

เจ้าชายเฟลิกซ์ ยูซูปอฟ พระนัดดาเขยในจักรพรรดินีมารีเยีย ทรงบันทึกว่า พระองค์ทรงมีอิทธิพลอย่างมากในพระราชวงศ์ เซอร์เกย์ วิตต์ก็ได้ชื่นชมถึงไหวพริบปฏิภาณและทักษะทางการทูตของพระองค์ แต่กระนั้นพระองค์ทรงเข้ากับสมเด็จพระจักรพรรดินีอเล็กซานดรา เฟโอโดรอฟนาแห่งรัสเซีย พระสุณิสาได้ไม่ดีนัก ทั้งนี้อาจเป็นเพราะทำให้ต้องทรงรับผิดชอบกับความเศร้าโศกที่ประดังเข้ามาในครอบครัวของจักรพรรดินิโคลัส พระราชโอรสของพระองค์

ทันที่การเสด็จสวรรคตของจักรพรรดิอะเลคซันดร์ที่ 3 ผ่านพ้นไป จักรพรรดินีมารีเยีย ซึ่งบัดนี้ทรงกลายเป็นสมเด็จพระบรมราชชนนีพันปีหลวงแห่งรัสเซียทรงมีมุมมองอนาคตที่สดใสมากกว่าเดิม ดังที่ตรัสว่า "ทุกสิ่งทุกอย่างจะราบรื่นดี" พระองค์ประทับอยู่ในประเทศรัสเซียมาเป็นเวลายี่สิบแปดปีแล้ว โดยช่วงสิบสามปีทรงเป็นสมเด็จพระจักรพรรดินีเอกอัครมเหสี และในอีกสามสิบสี่ปีความเป็นม่ายยังคงรอพระองค์อยู่ ส่วนในสิบปีสุดท้ายเป็นการลี้ภัยอยู่นอกประเทศในมาตุภูมิ ในตอนสิ้นเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2437 จักรพรรดินีมารีเยียทรงย้ายไปประทับที่พระราชวังอานิชคอฟ ในกรุงเซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก จนกระทั่งการปฏิวัติเริ่มขึ้น พระองค์ทรงดำรงพระชนม์และปลอบพระทัยพระองค์เองได้อย่างเสรี และเมื่อเวลาผ่านเลยไปความกลัวได้ลดน้อยถอยลง ในฐานะที่ทรงเป็นจักรพรรดินีและพระบรมราชชนนีพันปีหลวง พระองค์ไม่ได้ทรงตกเป็นเป้าหมายทางการเมืองสำหรับพวกมือสังหารในลัทธิสังคมนิยมและอนาธิปไตยอีกต่อไป