ในตอนเช้าของวันที่ 13 มีนาคม พ.ศ. 2424 จักรพรรดิอะเลคซันดร์ที่ 2 ขณะมีพระชนมพรรษา 62 พรรษา ทรงถูกปลงพระชนม์ในขณะเสด็จกลับมายังพระราชวังฤดูหนาวจากการตรวจแถวทหาร ต่อมาแกรนด์ดัชเชสมาเรียได้ทรงบรรยายลงในสมุดบันทึกถึงความบาดเจ็บที่พระจักรพรรดิทรงได้รับเมื่อถูกนำกลับมายังพระราชวัง "พระเพลาทั้งสองข้างของพระองค์ถูกระเบิดอย่างรุนแรง และเปิดขึ้นมาถึงพระชานุ พระโลหิตไหลออกมามากมาย ประมาณครึ่งหนึ่งของฉลองพระบาทบู๊ตข้างขวา เหลืองแต่พระบาทขวาเพียงข้างเดียว"[5] สมเด็จพระจักรพรรดิอเล็กซานเดอร์ที่ 2 เสด็จสวรรคตในอีกไม่กี่ชั่วโมงต่อมา แม้ว่าประชาชนจะไม่รักใครในพระจักรพรรดิองค์ใหม่ แต่ก็ชื่นชอบในสตรีหมายเลขหนึ่งองค์ใหม่อย่างมาก ดังที่บุคคลร่วมสมัยเดียวกับพระองค์กล่าวว่า "เป็นพระจักรพรรดินี อย่างแท้จริง" พระองค์เองทรงไม่พอพระทัยกับพระราชสถานะใหม่เท่าใดนัก ในสมุดบันทึกส่วนพระองค์ทรงเขียนว่า "ช่วงเวลาที่สุขและสงบที่สุดของเราหมดสิ้นลงแล้ว สันติสุขและความเงียบสงบมลายหายไปแล้ว ตอนนี้เราคงจะห่วงแต่เพียงซาชา(ซาชา คือพระนามลำลองที่ทรงเรียกสมเด็จพระราชสวามี จักรพรรดิอเล็กซานเดอร์ที่ 3)เท่านั้น"[6]

จักรพรรดิอะเลคซันดร์ที่ 3 และจักรพรรดินีมารีเยียทรงเข้าพระราชพิธีบรมราชาภิเษกเมื่อวันที่ 27 พฤษภาคม พ.ศ. 2426 ณ พระราชวังเครมลิน ที่กรุงมอสโก เพียงก่อนงานพิธีบรมราชาภิเษก การสบคบคิดวางแผนร้ายครั้งใหญ่ก็ถูกเปิดโปง ซึ่งทำให้การเฉลิมฉลองเงียบเหงาหดหู่ แต่ก็ยังมีแขกเหรื่อจำนวนกว่าแปดพันคนมาร่วมพระราชพิธีอันงามเลิศนี้ เนื่องมาจากภัยอันตรายต่อสมเด็จพระจักรพรรดิอเล็กซานเดอร์ที่ 3 และสมเด็จพระจักรพรรดินีมาเรีย ภายหลังงานพระราชพิธีบรมราชาภิเษก นายพลเชเรวิน ซึ่งเป็นหัวหน้าตำรวจรักษาความปลอดภัย ก็เร่งเร้าให้สมเด็จพระจักรพรรดิและครอบครัวเสด็จแปรพระราชฐานไปยังพระราชวังกัตชินา ซึ่งเป็นที่ประทับอันปลอดภัยมากกว่า โดยตั้งอยู่ 50 กิโลเมตรนอกกรุงเซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก พระราชวังหลังใหญ่นี้มีห้องหับราวเก้าร้อยห้องและสร้างขึ้นในสมัยจักรพรรดินีนาถเยกาเจรีนาที่ 2 พระราชวงศ์โรมานอฟได้ให้ความสนใจกับคำแนะนำดังกล่าวนี้ สมเด็จพระจักรพรรดิอเล็กซานเดอร์ที่ 3 และสมเด็จพระจักรพรรดินีมาเรียประทับอยู่ที่พระราชวังกัตชินาเป็นเวลาสิบสามปีและทรงเลี้ยงดูพระโอรสพระธิดาจนเจริญพระชนม์ในพระราชวังแห่งนี้ด้วย

ด้วยการคุ้มกันอย่างแน่นหนา จักรพรรดิอะเลคซันดร์ที่ 3 และจักรพรรดินีมารีเยียเสด็จจากพระราชวังกัตชินาเป็นครั้งคราวเพื่อไปยังเมืองหลวงในการทรงปฏิบัติพระราชกรณียกิจทางพิธีการต่างๆ จักรพรรดินีทรงโปรดงานเลี้ยงเต้นรำและการพบปะสังสรรค์ในพระราชวังฤดูหนาวมาก แต่กระนั้นก็ยังสามารถจัดขึ้นในพระราชวังกัตชินา จักรพรรดิอะเลคซันดร์ทรงเคยร่วมสนุกกับนักดนตรี แม้ว่าภายหลังจะทรงส่งกลับทีละคน เมื่อสิ้งนี้ได้เกิดขึ้น จักรพรรดินีมารีเยียทรงทราบดีว่างานเลี้ยงได้สิ้นสุดลงแล้ว[7]

ในรัชสมัยของจักรพรรดิอะเลคซันดร์ที่ 3 กลุ่มต้อต้านระบอบกษัตริย์เงียบหายไปอย่างรวดเร็ว มีนักศึกษากลุ่มหนึ่งได้พยายามวางแผนลอบปลงพระชนม์สมเด็จพระจักรพรรดิในงานครบรอบหกปีการเสด็จสวรรคตของพระชนกนาถ จักรพรรดิอะเลคซันดร์ที่ 2 ที่จัดขึ้น ณ ป้อมปีเตอร์และปอล มหาวิหารสุสานหลวงแห่งราชวงศ์โรมานอฟในกรุงเซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก เหล่านักวางแผนก่อการร้ายได้ยัดระเบิดลงไว้ในไส้ข้างในของหนังสือเรียนที่พวกเขาตั้งใจจะขว้างใส่สมเด็จพระจักรพรรดิขณะเสด็จกลับจากมหาวิหาร อย่างไรก็ตาม ตำรวจลับรัสเซียได้เปิดโปงแผนการร้ายก่อนที่ถูกทำให้สำเร็จลุล่วง นักศึกษาจำนวนห้าคนถูกจับแขวนคอ รวมทั้งอเล็กซานเดอร์ อุลยานอฟ เขามีน้องชายที่มีพรสววรค์คนหนึ่ง ซึ่งมีความคิดทางการเมืองในเชิงปฏิบัติดังเช่นพี่ชาย เด็กชายคนนั้นคือ วลาดิมีร์ เลนิน ซึ่งอีกหลายปีต่อมาได้ใช้เวลาส่วนมากกับขบวนการปฏิวัติใต้ดินอยู่ในทวีปยุโรปในการหล่อหลอมแนวคิดและทฤษฎีทางการเมืองที่เขาจะนำมาใช้ในประเทศรัสเซียหลังจากการกลับมาในปี พ.ศ. 2460 เพื่อล้างแค้นใก้กับการตายของพี่ชาย

เมื่อเจ้าฟ้าหญิงอเล็กซานดรา เจ้าหญิงแห่งเวลส์ มกุฎราชกุมารีแห่งอังกฤษ ซึ่งเป็นพระเชษฐภคินีเสด็จพระราชดำเนินเยือนพระราชวังกัตชินาในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2437 พระองค์ทรงแปลกพระทัยที่ได้เห็นว่าพระพลานามัยของจักรพรรดิอะเลคซันดร์ที่ 3 พระกนิษฐภรรดาอ่อนแอลงมาก โดยทรงดูเหมือนเหี่ยวแห้งลง ความสดชื่นบนพระปรางและความสดใสร่าเริงได้จางหายไป ในตอนนั้นจักรพรรดินีทรงทราบนานแล้วว่าจักรพรรดิทรงพระประชวรและจะมีพระชนม์ชีพอยู่ได้อีกไม่นาน จึงได้ทรงหันความสนใจมาที่มกุฎราชกุมารนิโคลาส พระราชโอรสองค์ใหญ่ ทั้งในเรื่องส่วนตัวและอนาคตของพระราชวงศ์ซึ่งตอนนี้ขึ้นอยู่กับพระองค์ มกุฎราชกุมารนิโคลาสทรงหมายมั่นมานานที่จะอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงอลิกซ์แห่งเฮสส์และไรน์ ทั้งจักรพรรดิอะเลคซันดร์ที่ 3 และจักรพรรดินีมารีเยียไม่ทรงเห็นด้วยกับการอภิเษกสมรสนี้ มกุฎราชกุมารนิโคลาสจึงทรงสรุปสถานการณ์ไว้ดังนี้ "เราอยากเดินไปสู่จุดหมายหนึ่ง แต่มันก็เห็นชัดว่าแม่อยากจะให้เราเดินไปอีกทาง ความฝันของเราคือวันหนึ่งจะแต่งงานกับอลิกซ์"[8] ทั้งจักรพรรดิอะเลคซันดร์ที่ 3 และจักรพรรดินีมารีเยียทรงมองว่าเจ้าหญิงอลิกซ์ทรงขี้อายและแปลกประหลาดในบางครั้ง ทั้งสองพระองค์ยังทรงกังวลว่าเจ้าหญิงวัยดรุณีพระองค์นี้ขาดคุณสมบัติคู่ควรในการเป็นจักรพรรดินีแห่งรัสเซียอีกด้วย พระชนกนาถและพระราชชนนีของมกุฎราชกุมารนิโคลาสทรงรู้จักกับเจ้าหญิงอลิกซ์ตั้งแต่ยังทรงพระเยาว์และทรงมีความรูสึกว่าเจ้าหญิงทรงมีอารมณ์รุนแรงผิดปกติและไม่เต็มบาท [9] ทั้งสองพระองค์ทรงยอมให้มกุฎราชกุมารอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงอลิกซ์อย่างลังเลพระทัย