พระอัครมเหสีและพระสนม

จักรพรรดิเมจิทรงอภิเษกสมรสกับสมเด็จพระจักรพรรดินีฮะรุโกะ ซึ่งต่อมาเมื่อสวรรคตได้รับการสถาปนาเป็น "สมเด็จพระจักรพรรดินีโชเก็ง" แต่ไม่มีพระราชโอรสหรือพระราชธิดาด้วยกัน เนื่องจากพระพลานามัยของสมเด็จพระจักรพรรดินีไม่เอื้ออำนวย แต่มีพระราชโอรส-ธิดาทั้งสิ้น 15 พระองค์ โดยประสูติจากพระสนมทั้งหมด โดยมีรายนาม พระมเหสี และพระสนม ดังนี้

• พระอัครมเหสี
  • สมเด็จพระจักรพรรดินีฮะรุโกะ (พระนามเดิม เจ้าหญิงอิชิโจ มาซาโกะ ต่อมาคือ เจ้าหญิงอิชิโจ ฮะรุโกะ)
• พระสนม
  • พระสนมมิตสึโกะ (1853-1873)
  • พระสนมนัตสึโกะ ฮาชิโมโตะ (1856–1873)
  • พระสนมนารุโกะ ยานางิวาระ (1855–1943)
  • พระสนมโคโตโกะ ชิงุซะ (1855–1944)
  • พระสนมซาชิโกะ โซโนะ (1867–1947)

พระราชโอรสและธิดา

แม้ว่าจักรพรรดิเมจิและจักรพรรดินีโชเก็งจะไม่มีพระราชโอรสหรือพระราชธิดาด้วยกัน แต่ก็มีพระราชโอรส-ธิดาประสูติจากพระสนม ทั้งสิ้น 15 พระองค์ คือ

1. เจ้าชาย (ไม่ปรากฏพระนาม) ประสูติ 18 กันยายน พ.ศ. 2416 และสิ้นพระชนม์ในวันเดียวกัน ประสูติแด่พระสนมมิตสึโกะ
2. เจ้าหญิง (ไม่ปรากฏพระนาม) ประสูติ 13 พฤศจิกายน พ.ศ. 2419 และสิ้นพระชนม์ในวันเดียวกัน ประสูติแด่พระสนมนัตสึโกะ
3. เจ้าหญิงชิเงโกะ เจ้าอูเมะ ประสูติ 25 มกราคม พ.ศ. 2421 ประสูติแด่พระสนมนะรุโกะ
4. เจ้าชายโยชิฮิโตะ เจ้าฮารุ ประสูติ 31 สิงหาคม พ.ศ. 2422 (ต่อมาคือจักรพรรดิไทโช) ประสูติแด่พระสนมนะรุโกะ
5. เจ้าชายยูกิฮิโตะ เจ้าทาเกะ ประสูติ 23 กันยายน พ.ศ. 2423 ประสูติแด่พระสนมนะรุโกะ
6. เจ้าหญิงอากิโกะ เจ้าชิเงะ ประสูติ 3 สิงหาคม พ.ศ. 2427 ประสูติแด่ พระสนมโคโตะโกะ
7. เจ้าหญิงฟูมิโกะ เจ้ามาซุ ประสูติ 26 มกราคม พ.ศ. 2429 ประสูติแด่พระสนมโคโตะโกะ
8. เจ้าหญิงชิซูโกะ เจ้าฮิซะ ประสูติ 10 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2432 ประสูติแด่พระสนมซะชิโกะ
9. เจ้าชายมิชิฮิโตะ เจ้าอากิ ประสูติ พ.ศ. 2433 ประสูติแด่พระสนมซะชิโกะ
10. เจ้าหญิงมาซาโกะ เจ้าทาซูเนะ ประสูติ 30 กันยายน พ.ศ. 2434 ประสูติแด่พระสนมซะชิโกะ
11. เจ้าหญิงฟูซาโกะ เจ้าคาเนะ ประสูติ 28 มกราคม พ.ศ. 2436 ประสูติแด่พระสนมซะชิโกะ
12. เจ้าหญิงโนบูโกะ เจ้าฟูมิ ประสูติ 7 สิงหาคม พ.ศ. 2437 ประสูติแด่พระสนมซะชิโกะ
13. เจ้าชายเทะรุฮิโตะ เจ้ามิซุ ประสูติ พ.ศ. 2439]] ประสูติแด่พระสนมซะชิโกะ
14. เจ้าหญิงโทชิโกะ เจ้ายาซุ ประสูติ 11 พฤษภาคม พ.ศ. 2442 ประสูติแด่พระสนมซะชิโกะ
15. เจ้าหญิงทากิโกะ เจ้าซาดะ ประสูติ พ.ศ. 2443 ประสูติแด่พระสนมซะชิโกะ