วัยพระเยาว์

จักรพรรดิเมจิเสด็จพระราชสมภพเมื่อวันที่ 3 พฤศจิกายน ค.ศ. 1852 ในตำหนักเล็ก ๆ นอกพระราชวังหลวงเกียวโต มีพระนามว่า เจ้าชายมุตสึฮิโตะ และเมื่อแรกประสูติทรงราชทินนามเป็น เจ้าซาชิ เป็นพระราชโอรสองค์ที่ 2 ในจักรพรรดิโคเม (องค์แรกสิ้นพระชนม์ไปก่อน) ส่วนมารดาของพระองค์คือ โยชิโกะ จากตระกูลนากายามะ ตระกูลข้าราชบริพารในวังหลวงตระกูลหนึ่ง โยชิโกะเป็นนางสนมนางหนึ่งในบรรดานางสนมหลายสิบคนของจักรพรรดิโคเม

สี่เดือนหลังประสูติ ญี่ปุ่นได้เผชิญหน้ากับการมาถึงของ "กองเรือดำ" ในบัญชาของพลเรือจัตวา แมทธิว ซี. เพร์รี จากสหรัฐอเมริกา เข้ามายังอ่าวเอโดะและบังคับให้รัฐบาลโชกุนเปิดประเทศ การเปิดประเทศนี่เองทำให้รัฐบาลโชกุนเผชิญหน้ากับฝ่ายกบฎ (ฝ่ายหัวสมัยใหม่) ทั้งสองฝ่ายต่างก็อยากได้จักรพรรดิมาเป็นพวก แต่พระราชบิดาของพระองค์เลือกที่จะวางตัวเป็นกลางขอแค่ให้พระราชวงศ์ได้อยู่รอดปลอดภัย ชีวิตที่ลำบากยากแค้นในวัยเด็กทำให้เจ้าชายมุตสึฮิโตะเป็นเด็กขี้ขลาด ในปี ค.ศ. 1864 ที่ฝ่ายกบฎแคว้นโชชูพยายามบุกวังหลวงจนเกิดเป็นการต่อสู้กับฝ่ายโชกุนจนเสียงปืนใหญ่ดังสนั่นทั่วทั้งวังหลวง ในขณะนั้นเจ้าชายมุตสึฮิโตะในวัย 11 ชันษาตกใจถึงกับเป็นลม การที่รัชทายาทอ่อนแอเช่นนี้ได้สร้างความวิตกต่อตระกูลนากายามะอย่างมาก ทำให้พวกเขาเริ่มตระหนักได้ว่าจำเป็นต้องฝึกฝนให้ว่าที่จักรพรรดินั้น "ร่างกายกำยำ จิตใจเหี้ยมหาญ" พวกเขาจึงให้ ไซโง ทากาโมริ ซามูไรเลื่องชื่อหัวสมัยใหม่มารับหน้าที่พระอาจารย์อบรมสั่งสอนเจ้าชายมุตสึฮิโตะ

หลังไซโงกลายมาเป็นพระอาจารย์ ไซโงได้เปลี่ยนสนามของวังหลวงเป็นลานประลอง เขาอบรมสั่งสอนเจ้าชายมุตสึฮิโตะในแบบของนักรบ ทั้งวิชาฟันดาบ, ยิงธนู, ขี่ม้า, มวยปล้ำ เจ้าชายองค์น้อยผู้บอบบางได้เติบใหญ่เป็นนักรบจากการอบรมของไซโง

ขึ้นเป็นจักรพรรดิ

ภายหลังพระราชบิดาได้เสด็จสวรรคตในวันที่ 30 มกราคม ค.ศ. 1867 พระองค์ก็ขึ้นครองราชสมบัติในสี่วันให้หลัง หลังจากครองราชย์ได้สองเดือน ในวันที่ 7 เมษายน พระองค์ก็ทรงประกาศพระราชโองการบัญญัติห้าข้อที่ถูกร่างโดยคณะที่ปรึกษาหัวก้าวหน้า ซึ่งถือเป็นพระราชโองการแรกในสมัยเมจิ ส่วนหนึ่งของพระราชโองการดังกล่าวมีดังความ: "จงค้นคว้าและรวบรวมวิทยาการทั้งหลายทั่วโลกเพื่อเสริมสร้างรากฐานการปกครองแห่งจักรพรรดิ"

การที่สมเด็จพระจักรพรรดิไม่ได้เสด็จออกนอกนครหลวงเกียวโตเลยตั้งแต่ขึ้นครองราชย์ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1867 จนกระทั่งได้เสด็จไปยังนครโอซะกะในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1868 ชี้ให้เห็นว่าพระองค์ต้องใช้พระวิริยอุตสาหะยาวนานเพียงใด กว่าจะล่วงพ้นวิสัยทัศน์อันคับแคบของเหล่าข้าราชการในช่วงต้นรัชสมัยไปได้