ทั้งนี้ มีตำนานในเชิงมุขปาฐะเกี่ยวกับที่มาของพระคาถานี้ หนึ่งในนั้นพรรณนาโดยพระอาจารย์สมภพ โชติปัญโญ แห่งวัดไตรสิกขาทลามลตาราม บ้านฝาง ต.บ้านแพด อ.คำตากล้า จ.สกลนคร ซึ่งได้กล่าวถึงความเป็นมาของจุลลไชยยะปกรณ์ หรือบทขัด หรือตำนานของจุลชัยยะมงคลคาถา ไว้ว่า เป็นพระคาถาที่แสดงถึงชัยชนะของสมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า หรือนัยหนึ่งคือชัยชนะของพระพุทธศาสนาต่อสิ่งชั่วร้ายที่เคยมีอิทธิพลในแถบถิ่นลุ่มแม่น้ำโขง โดยกล่าวว่า ต้นบทจุลชัยยะมงคลคาถา ที่เรียกว่า จุลละชัยปกรณ์ ได้บอกเล่าถึงเหตุการณ์เบื้องหลังเหตุการณ์นี้ว่า เมื่อครั้งพระโสณะ และพระอุตระ รับอาราธนาพระเจ้าอโศกมหาราชและพระโมคคัลลีบุตรติสสะเถระ เพื่อมาเป็นสมณทูตประกาศพระศาสนาในแผ่นดินสุวรรณภูมินั้น พระเถระทั้ง 2 รูปได้ผจญกับปีศาจท้องถิ่น ในรูปของเงือก หรือผีเสื้อน้ำ ซึ่งได้ซักถามพระเถระว่า สิ่งใดฤๅที่เรียกว่า เทวธรรม พระเถระจึงวิสัชนาเป็นพระคาถาว่า หิริโอตัปปะสัมปันนาฯ เป็นอาทิ ซึ่งเป็นพระคาถาเทวธรรม ซึ่งยกมาจากเทวธรรมชาดก และปรากฏอยู่ในช่วงปกรณ์ หรือพรรณนาที่มาของจุลชัยยะมงคลคาถา ความว่า

ในจุลลไชยยะปกรณ์ ยังอ้างข้อความจากคัมภีร์สมันตปาสาทิกา อรรถกถาพระวินัย ที่ระบุว่า "สุวณฺณภูมิ คจฺฉนฺตฺวาน โสณุตฺตรา มหิทฺธิกา ปิสาเจ นิทฺธมิตฺวาน พฺรหฺมชาลํ อเทสิสุ" ความว่า "พระโสณะและพระอุตตระผู้มีฤทธิ์มาก ไปสู่สุวรรณภูมิ ปราบปรามพวกปีศาจแล้ว ได้แสดงพรหมชาลสูตร" ซึ่งคัมภีร์สมันตปาสาทิกาพรรณนาไว้ว่า พระโสณะและพระอุตตระ ได้แสดงอภินิหาริย์ปราบนางผีเสื้อน้ำและทรงแสดงธรรมพรหมชาลสูตร อันเป็นสูตรว่าด้วยข่ายอันประเสริฐ ประกอบด้วย ศีลน้อย ศีลกลาง และศีลใหญ่ เป็นการสั่งสอนให้เวไนยสัตว์ทั้งหลายประพฤติตนอยู่ในสรณะและศีล พระธรรมเทศนาของพระเถระเจ้า ยังให้ชาวสุวรรณภูมิประเทศได้บรรลุธรรมประมาณ 60,000 คน อีกทั้งยังมีกุลบุตรออกบวชประมาณ 3,500 คน [5]

แม้ว่า มุขปาฐะเกี่ยวกับตำนานของจุลชัยยะมงคลคาถา และข้อความจากคัมภีร์สมันตปาสาทิกา จะมีความแตกต่างกันในรายละเอียด (มุขปาฐะว่าพระเถระเจ้าวิสัชนาเทวธรรม ขณะสมันตปาสาทิกาว่า พระเถระแสดงพรหมชาลสูตร) แต่สิ่งที่สอดคล้องกันคือ การประกาศความยิ่งใหญ่ของพระรัตนตรัยให้ชาวพื้นเมืองได้ประจักษ์ สามารถปราบมิจฉาทิษฐิทั้งหลาย ให้หันมาเชื่อถือศรัทธาในพระธรรมวินัยของสมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า อันเป็นสัมมาทิษฐิ