ได้มีการศึกษาเพื่อเชื่อมโยงตระกูลภาษาออสโตรนีเซียนเข้ากับภาษาตระกูลอื่นๆในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ สมมติฐานที่ดูสอดคล้องที่สุดคือสมมติฐานออสโตร-ไท ซึ่งเชื่อมโยงตระกูลภาษาออสโตรนีเซียนเข้ากับตระกูลภาษาขร้า-ไท Roger Blench (2004) [4] เสนอว่าตระกูลภาษาขร้า-ไทอาจเป็นสาขาของภาษากลุ่มบอร์เนียว-ฟิลิปปินส์ แต่ยังไม่ได้รับการสนับสนุนจากนักภาษาศาสตร์มากนัก

นอกจากนี้ยังมีข้อเสนอว่าภาษาญี่ปุ่นอาจมีความเกี่ยวพันกับภาษาตระกูลออสโตรนีเซียน โดยได้รับอิทธิพลจากภาษาตระกูลนี้ โดยผู้ที่เสนอทฤษฎีนี้กล่าวว่าภาษาตระกูลออสโตรนีเซียนเคยครอบคลุมทางเหนือของเกาะฟอร์โมซา (ทางตะวันตกของญี่ปุ่น เช่นหมู่เกาะริวกิว และคิวชู) เช่นเดียวกับทางใต้ ไม่มีหลักฐานทางพันธุศาสตร์แสดงถึงความเกี่ยวพันระหว่างผู้พูดภาษาญี่ปุ่นกับผู้พูดภาษาตระกูลออสโตรนีเซียน เว้นแต่จะมีการติดต่อในยุคก่อนประวัติศาสตร์ระหว่างผู้พูดภาษาญี่ปุ่นโบราณกับผู้พูดภาษาออสโตรนีเซียนดั้งเดิม ซึ่งน่าจะเป็นการติดต่อสัมพันธ์กันธรรมดาที่ไม่มีผลต่อการหลอมรวมทางวัฒนธรรม การวิเคราะห์ทางพันธุศาสตร์ของชาวริวกิว เทียบกับชาวญี่ปุ่นและชาวพื้นเมืองของไต้หวัน พบว่าใกล้เคียงกับชาวญี่ปุ่นมากกว่า ดังนั้น หากจะมีการเกี่ยวข้องกันจริง จะต้องเกิดในจีนแผ่นดินใหญ่ก่อนที่ผู้พูดภาษาออสโตรนีเซียนจะอพยพไปไต้หวัน และผู้พูดภาษาญี่ปุ่นจะอพยพไปญี่ปุ่น