ประวัติศาสตร์เริ่มต้นของกลุ่มชนที่พูดภาษาออสโตรนีเซียนย้อนกลับไปเมื่อครั้งยังเป็นภาษาออสโตรนีเซียนดั้งเดิม จุดเริ่มต้นของภาษานี้อยู่ในไต้หวัน เพราะบนเกาะนี้มีความแตกต่างของภาษาตระกูลนี้มาก โดยมีถึง 9 จากทั้งหมด 10 สาขา [2] ทั้งนี้นักภาษาศาสตร์ถือว่า จุดกำเนิดของภาษาจะอยู่ในที่ ๆ มีความแตกต่างของภาษากลุ่มนั้น ๆ มาก [3]

การศึกษาจุดเริ่มต้นของกลุ่มชนที่พูดภาษาตระกูลออสโตรนีเซียนโดยใช้หลักฐานทางพันธุศาสตร์พบว่าจุดกำเนิดนั้นน่าจะอยู่ในผืนแผ่นดินของทวีปเอเชีย หลักฐานทางโบราณคดีระบุว่า ผู้พูดภาษานี้อพยพไปจากจีนตอนใต้ ไปสู่ไต้หวันเมื่อราว 8,000 ปีมาแล้ว จากนั้นจึงอพยพออกทางเรือไปยังหมู่เกาะต่าง ๆ เมื่อราว 6,000 ปีมาแล้ว กระนั้นก็ตาม ยังมีช่องว่างในช่วงเวลาดังกล่าวอยู่เพราะนักภาษาศาสตร์พบว่าข้อมูลเกี่ยวกับภาษาออสโตรนีเซียนดั้งเดิมยุติแค่ชายฝั่งตะวันตกของไต้หวัน แต่ไม่มีความเชื่อมโยงกับภาษาบนแผ่นดินใหญ่ยกเว้นภาษากลุ่มจาม แต่ก็มีหลักฐานว่าเป็นภาษาของผู้อพยพเข้าไปใหม่