นักภาษาศาสตร์โดยทั่วไปจัดภาษานี้เป็นสองกลุ่มใหญ่คือภาษากลุ่มมุนดาที่พบในอินเดียตะวันออกและอินเดียกลางกับบางส่วนของบังกลาเทศและภาษากลุ่มมอญ-เขมร ที่พบในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ อินเดียตะวันออกเฉียงเหนือและหมู่เกาะนิโคบาร์ จากภาษาในตระกูลนี้ทั้งหมด 168 ภาษา อยุ่ในกลุ่มมอญ-เขมร 147 ภาษาและอยู่ในกลุ่มมุนดา 21 ภาษา การแบ่งย่อยลงไปอีกมีความแตกต่างกันดังนี้

Grérard Diffloth (1974)

เป็นการจัดแบ่งที่มีผู้นำไปอ้างอิงมากที่สุด แต่ภาษาที่ยังไม่พบในขณะนั้นไม่ได้รวมไว้ด้วย

• มุนดา
  • มุนดาเหนือ
    • กอร์กู
    • เคอร์วาเรียน
  • มุนดาใต้
    • คาเรีย-จวา
    • โกราปุต มุนดา
• มอญ-เขมร
  • มอญ-เขมรตะวันออก
    • ภาษาเขมร
    • เปียริก
    • ภาษากลุ่มบะห์นาริก
    • ภาษากลุ่มกะตู
    • ภาษากลุ่มเวียตติก (รวมภาษาเวียดนาม)
  • มอญ-เขมรเหนือ
    • ภาษาคาซี (รัฐเมฆาลัย, อินเดีย)
    • ปะหล่อง
    • ขมุ
  • มอญ-เขมรใต้
    • ภาษามอญ
    • อัสเลียน
    • นิโคบาร์ (หมู่เกาะนิโคบาร์)

Ilia Peiros (2004)

เป็นการแบ่งโดยใช้ข้อมูลจากการใช้คำศัพท์ร่วมกัน

• นิโคบาร์
• มุนดา-เขมร
  • มุนดา
  • มอญ-เขมร
    • ภาษาคาซี
    • มอญ-เขมรศูนย์กลาง
      • ม้ง (ม้งและปยู)
      • เวียตติก
      • มอญ-เขมรเหนือ ประกอบด้วยกลุ่มปะหล่องและขมุ
      • มอญ-เขมรกลาง
        • ภาษาเขมรสำเนียงต่างๆ
        • เปียริก
        • อัสลี-บะห์นาริก
          • อัสเลียน
          • มอญ-บะห์นาริก
            • มอญ
            • กะตู-บะห์นาริก
              • กะตู
              • บะห์นาริก

Grérard Diffloth (2005)

• มุนดา
  • กลุ่มโกวาปุต
  • กลุ่มมุนดาแกนกลาง
  • กลุ่มคาเรีย-จวา 2 ภาษา
  • กลุ่มมุนดาเหนือ
    • กลุ่มกอร์กู, กลุ่มคาวาเรีย 12 ภาษา
• กลุ่มคาซี-เขมร
  • กลุ่มคาซี 3 ภาษาในอินเดียและบังกลาเทศ
  • กลุ่มปะหล่อง-ขมุ
    • กลุ่มขมุ มี 13 ภาษาในลาวและไทย
    • กลุ่มปะหล่อง-ปะกัน
      • กลุ่มปะกันหรือปยู มี 2 ภาษาในจีนตอนใต้
      • กลุ่มปะหล่อง มี 21 ภาษาในพม่า จีนตอนใต้และไทย รวมภาษาม้งในเวียดนาม
• กลุ่มมอญ-เขมรศูนย์กลาง
  • กลุ่มเขมร-เวียตติก
    • กลุ่มเวียต-กะตู
      • กลุ่มเวียตติก มี 10 ภาษาในเวียดนามและลาวรวทั้งภาษาเวียดนามซึ่งเป็นภาษาเดียวในตระกูลออสโตรเอเชียติกที่มีเสียงวรรณยุกต์
      • กลุ่มกะตู มี 19 ภาษาในลาว เวียดนามและไทย
    • กลุ่มเขมร-บะห์นาริก
      • กลุ่มบะห์นาริก มี 40 ภาษาในเวียดนาม ลาว และกัมพูชา
      • กลุ่มเขมร ซึ่งได้แก่ภาษาเขมรสำเนียงต่าง ๆ ในไทย กัมพูชา เวียดนามและกลุ่มเปียริกที่มี 6 ภาษาในกัมพูชา
  • กลุ่มนิโคบาร์-มอญ
    • กลุ่มนิโคบาร์ มี 6 ภาษาในหมุ่เกาะนิโคบาร์
    • กลุ่มอัสลี-มอญ
      • กลุ่มอัสเลียน มี 19 ภาษาในไทยและมาเลเซีย
      • กลุ่มมอญ มี 2 ภาษาคือภาษามอญในพม่าและภาษาญัฮกุรในไทย

และยังมีอีกหลายภาษาที่ยังจัดแบ่งไม่ได้ในจีนตอนใต้