หลังจากสงครามกับสยามเพียงหนึ่งปี วันที่ 30 เมษายน พ.ศ. 2093 พระเจ้าตะเบ็งชะเวตี้ก็ถูกลอบปลงพระชนม์โดยสมิงสอตุด เมื่อพระเจ้าตะโดธรรมราชาทราบข่าว จึงชิงประกาศตัวขึ้นเป็นกษัตริย์แห่งพุกามประเทศ แทนที่พระเจ้าตะเบ็งชะเวตี้[12][13] เถลิงพระนามว่า พระเจ้าตะโดตู ประกาศเป็นกษัตริย์เอกราชไม่ขึ้นกับหงสาวดี[12]

เมื่อบุเรงนอง เสร็จศึกจากเมืองทะละ ก็กลับมาปราบกบฏ กู้ราชบัลลังก์ ขึ้นเถลิงราชย์เป็นกษัตริย์ หลังทรงเสด็จไปปราบพระเจ้ามังฆ้อง (สีหตู) ซึ่งเป็นพระอนุชาแล้ว ก็ทรงยกทัพไปปราบเมืองแปร ทัพของพระเจ้าบุเรงนอง ไพร่พล 9,000 นาย ม้า 300 ตัว ช้าง 25 เชือก เข้าปิดล้อมเมืองแปร แต่ทัพเมืองแปรนั้นมีปืนใหญ่และปืนคาบศิลาที่ทรงอานุภาพยากแก่การเข้าตี สุดท้ายในวันที่ 19 มิถุนายน พ.ศ. 2094 ก็ทรงถอยทัพออกจากแปร[14][15] แต่ในไม่ช้า พระองค์ก็ทรงนำทัพใหญ่กว่าครั้งก่อน เข้าปิดล้อมเมืองแปรอีกครั้ง พระเจ้าบุเรงนองทรงระดมไพร่พลเข้าโจมตีเมืองทั้งกลางวันกลางคืนมิได้ขาด วันที่ 29 สิงหาคม พ.ศ. 2094 เวลาเที่ยงคืน การป้องกันภายในเมืองแปรระส่ำระสาย พระเจ้าบุเรงนองทรงบัญชาให้ พระเจ้ามังฆ้อง ทรงพระคชาธารเข้าชนประตูเมืองแปรจนประตูเมืองแตก[16] ทัพหงสาวดีจึงเข้าเมืองแปรได้ พระเจ้าตะโดตู จะทรงเสด็จหนีไปยะไข่ แต่ก็ถูกกุมตัวไว้ได้ พระเจ้าบุเรงนอง จึงสั่งสำเร็จโทษพระเจ้าตะโดตู แม้จะทรงมีพระยศเสมือนพระปิตุลาก็ตามที สิริพระชนมายุ 61 พรรษา[17] แล้วทรงราชาภิเษก นันทยอทา พระอนุชาของพระองค์ เป็นพระเจ้าแปรองค์ใหม่ คือ ตะโดธรรมราชาที่ 2[16]