วันที่ 15 กันยายน พ.ศ. 2140 พระเจ้าตะโดธรรมราชาที่ 3 เสด็จนำทัพเรือ 2000 ยกไปตีอังวะอีกครั้ง สบทบกับทัพตองอู ขุนนางคนสนิทของพระองค์ ชื่อ ยานแนง ซึ่งเป็นพระพี่เลี้ยงของพระองค์ที่ประทับอยู่บนเรือพระที่นั่งเดียวกันกับพระเจ้าแปร เขาคิดการกบฏ และยึดเรือพระที่นั่ง จับพระเจ้าแปรโยนลงน้ำตกจากเรือพระที่นั่ง จนพระองค์จมน้ำสวรรคต ขณะนั้น ทรงมีพระชนมายุเพียง 26 พรรษา ชินเนเมียว และ ชินเนตุน พระโอรสของพระเจ้าตะโดธรรมราชาที่ 2 ผู้เป็นเสนาบดี ก็ถูกยานแนงสังหารเช่นกัน