ข้อสมมุติของฝ่ายธรรมชาตินิยมที่เน้นวิธีการเชิงวิทยาศาสตร์ได้ทำให้นักวิทยาศาสตร์บางคนโดยเฉพาะสาขาการวิจัยเชิงสังเกตตั้งคำถามว่าจริง ๆ แล้วเหตุผลขั้นอันติมะ (ultimate) หรือต้นตอแห่งการมีอยู่ของจักรวาลจะอธิบายด้วยคำตอบทางวิทยาศาสตร์ได้หรือไม่ โดยเฉพาะเมื่อ "หลักการแห่งเหตุผลอันเพียงพอ" (principle of sufficient reason) ดูเหมือนจะบ่งชี้ไปได้ว่าน่าจะมีคำตอบเช่นว่านี้ได้ แต่คำอธิบายที่น่าพอใจทางวิทยาศาสตร์จะได้มาจากการสอบสวนเชิงวิทยาศาสตร์หรือไม่ ยังเป็นเรื่องที่ต้องโต้เถียงกันได้มาก การตรวจสอบทฤษฎีการกำเนิดจักรวาลด้วยวิทยาศาสตร์ โดยใช้แบบจำลองทางกายภาพที่มีอยู่เดิมย่อมต้องพบกับความท้าทายมากพอควร ตัวอย่างเช่นสมการที่ใช้พัฒนาแบบจำลองของต้นตอที่มาในตัวมันเองแล้วก็ยังไม่สามารถอธิบายได้ว่าจักรวาลเกิดขึ้นมาได้อย่างไร