หน่วยแอ่งยุบปากปล่องซับซ้อนแห่งโตบาในสุมาตราตอนเหนือ ประกอบด้วยปล่องภูเขาไฟสี่ปล่องที่ซ้อนทับกันและอยู่ติดกับแนวภูเขาไฟสุมาตรา แอ่งยุบปากปล่องแห่งที่สี่ที่มีอายุน้อยที่สุดเป็นแอ่งยุบในยุคควอเทอร์นารีที่ใหญ่ที่สุดในโลก และตัดกับแอ่งยุบอีกสามแห่งที่มีอายุมากกว่า เมื่อครั้งเกิดการปะทุของภูเขาไฟครั้งใหญ่ที่สุดครั้งหนึ่งในประวัติศาสตร์ทางธรณีวิทยา แอ่งยุบนี้ได้พ่นตะกอนออกมาประมาณ 2,800 ลูกบาศก์กิโลเมตร ตะกอนเหล่านี้รู้จักในชื่อว่าหินเถ้าที่อายุน้อยที่สุดของโตบา หลังการปะทุครั้งนั้น โดมก่อตัวขึ้นภายในแอ่งยุบใหม่จากการรวมกันของโดมสองส่วนที่ถูกแบ่งครึ่งโดยกราเบน (graben) แนวยาว[3]

ในทะเลสาบมีกรวยภูเขาไฟสี่ลูก กรวยภูเขาไฟสลับชั้นสามลูก และปล่องภูเขาไฟสามปล่องที่มองเห็นได้ กรวยตันดุกเบอนูวาบนขอบของแอ่งยุบด้านตะวันตกเฉียงเหนือมีพืชพรรณขึ้นอยู่ค่อนข้างน้อย บ่งบอกมีอายุน้อยเพียงหลายร้อยปี ขณะที่ภูเขาไฟปูซูบูกิตบนขอบด้านทิศใต้ยังคงมีพลังแบบพุแก๊ส[7]