ภาวะนี้พบได้น้อยในทารกที่ตายคลอดหรือทารกคลอดก่อนกำหนด ซึ่งสนับสนุนสมมติฐานการเกิดโรคที่ว่าน่าจะเกิดในช่วงท้ายของการตั้งครรภ์ ในทางกลับกัน ทารกที่มีภาวะตับอักเสบไม่ทราบสาเหตุในทารกแรกเกิดซึ่งเป็นหนึ่งในการวินิจฉัยแยกโรคที่สำคัญนั้นมักเป็นทารกคลอดก่อนกำหนด ตัวเล็กกว่าปกติ หรือทั้งสองอย่าง

การติดเชื้อ

• ยังไม่มีการค้นพบเชื้อที่ทำให้เกิดภาวะท่อน้ำดีตีบตันแต่กำเนิดแน่ชัด แม้จะมีการศึกษาถึงบทบาทของเชื้อก่อโรคในการทำให้เกิดภาวะนี้อย่างละเอียดแล้วก็ตาม
• Fischler และคณะ รายงานการพบการติดเชื้อ CMV ถึง 25% ในทารกที่มีภาวะนี้ไว้ในการศึกษาด้วยวิธีการทางวิทยาเซรุ่มด้วย IgM[3] มีการศึกษาซ้ำโดย Chang และคณะ ได้ผลเป็นที่น่าสนใจว่าพบการติดเชื้อ CMV ในภาวะตับอักเสบไม่ทราบสาเหตุในทารกแรกเกิดมากยิ่งกว่าที่พบในภาวะท่อน้ำดีตีบตันแต่กำเนิด[4] เป็นการสนับสนุนแนวคิดที่ว่าทั้งสองโรคเป็นผลสุดท้ายของพยาธิสรีรวิทยาเดียวกัน ซึ่ง Landing เป็นผู้แรกที่ใช้คำเรียกว่ากลุ่มโรคท่อน้ำดีอุดตันในเด็ก (Infantile obstructive cholangiopathy)[5]
• การศึกษาเกี่ยวกับ Reovirus type 3 ยังให้ผลเป็นที่ขัดแย้งกันอยู่ Wilson และคณะระบุไว้ในการศึกษาหนึ่งว่าไวรัสนี้สร้างความเสียหายแก่ท่อน้ำดีและเซลล์ตับของหนู[6] ในขณะที่อีกการศึกษาหนึ่งโดย Steele และคณะ ไม่สามารถแสดงให้เห็นว่ามีการติดเชื้อในทารกที่มีภาวะน้ำดีคั่งได้[7]
• มีการศึกษาถึงบทบาทของ Rotavirus กลุ่ม A, B และ C และไวรัสตับอักเสบ A, B และ C แล้ว แต่ยังไม่ปรากฏว่ามีความสัมพันธ์กับภาวะนี้

ปัจจัยทางพันธุกรรม

• การที่มีภาวะท่อน้ำดีตีบตันแต่กำเนิด การที่ภาวะนี้พบร่วมกับความผิดปกติทางระบบทางเดินอาหารและหัวใจได้บ่อยครั้ง ทำให้มีความเป็นไปได้ที่ภาวะนี้จะมีสาเหตุทางพันธุกรรม มีการศึกษาพบการกลายพันธุ์ของพันธุกรรมตำแหน่งจำเพาะในหนูที่มีอวัยวะภายในผิดปกติและมีหัวใจผิดปกติ ซึ่งความผิดปกติลักษณะนี้ใกล้เคียงกับที่พบร่วมกับภาวะท่อน้ำดีตีบตันแต่กำเนิด
• มีความผิดปกติทางพันธุกรรมหลายอย่าง เช่น การหลุดหายของยีน c-jun ของหนู (proto-oncogene transcription factor) และการกลายพันธุ์ของ homeobox transcription factor gene ที่มีความสัมพันธ์กับความผิดปกติของตับและม้าม อย่างไรก็ดียังไม่มีการค้นพบความสัมพันธ์โดยตรงกับภาวะท่อน้ำดีตีบตันแต่กำเนิดแต่อย่างใด

สาเหตุอื่น

• ความผิดปกติในการสังเคราะห์น้ำดีเป็นหนึ่งในการวินิจฉัยแยกโรคของภาวะท่อน้ำดีตีบตันแต่กำเนิด ซึ่งที่จริงแล้วน้ำดีนี้แทบจะเป็นสาเหตุแน่ชัดของความเสียหายของเซลล์ตับและเซลล์ท่อน้ำดีในทารกที่มีภาวะนี้ ถึงแม้ความผิดปกติทางเมแทบอลิซึมของน้ำดีอาจทำให้ความเสียหายต่อตับเกิดได้เร็วขึ้นก็ตาม ยังไม่มีการค้นพบบทบาทโดยตรงของความผิดปกติของน้ำดีที่จะทำให้เกิดภาวะท่อน้ำดีตีบตันแต่กำเนิดได้
• นักวิจัยหลายคนได้ศึกษาเกี่ยวกับผลที่คาดว่าจะมีของสารที่ทำให้เกิดโรค รวมถึงสารก่อวิรูป [1] (teratogen) และปัจจัยทางระบบภูมิคุ้มกัน แต่ก็ยังไม่พบหลักฐานของการมีความสัมพันธ์กันโดยตรงเช่นกัน