ปัญหาจากการบริการ

• ปัญหาการจราจรเข้าสู่สนามบิน - ปัญหานี้เกิดเนื่องจากขาดการประสานงานด้านประชาสัมพันธ์ที่พอเพียง ต่อมา ทอท. ได้ร่วมกับหน่วยงานต่างๆ ประชาสัมพันธ์ และติดป้ายบอกทางทั่วกรุงเทพฯ และบริเวณทางด่วน
• ปัญหาสายพานรับส่งกระเป๋า ทำให้เกิดความล่าช้า และสูญหายของกระเป๋า ในระยะสัปดาห์แรกของการให้บริการ มีกระเป๋าตกค้าง และล่าช้าอยู่ราว 6000 ใบ
• ปัญหาจำนวนห้องน้ำไม่พอ[121] - ปัญหานี้ภายหลังได้มีการแก้ไขโดยมีโครงการก่อสร้างห้องน้ำเพิ่มเติม[122] โดยนายโชติศักดิ์ อาสภวิริยะ กรรมการผู้อำนวยการใหญ่ บริษัท ท่าอากาศยานไทย จำกัด (มหาชน) หรือ ทอท. ได้สั่งการให้ทางท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ (ทสภ.) ใช้งบประมาณเร่งด่วนของปี 2550 จำนวนประมาณ 40 ล้านบาท มาสร้างห้องน้ำทั้งภายในอาคารผู้โดยสารและนอกอาคารเพิ่มอีก 20 จุด รวม 205 ห้อง (ห้องน้ำชาย 95 ห้อง และห้องน้ำหญิงอีก 110 ห้อง) [121]
• ปัญหาการประชาชนจำนวนมากเข้ามาเที่ยวชม - ทำให้เกิดความแออัด จราจรติดขัด และไม่สามารถให้บริการได้อย่างทั่วถึง ร้านอาหารราคาแพงและไม่เพียงพอ ซึ่งทาง ทอท.ได้แก้ปัญหาโดยใช้เงินลงทุนประมาณ 15 ล้านบาทในการก่อสร้าง ร้านอาหารราคามิตรภาพ บริเวณอาคารเทียบเครื่องบิน A และ G อีกแห่งละจุดรวมเป็น 2 จุด แต่ละจุดจะมีห้องน้ำ 25 ห้อง จะมีการก่อสร้างร้านอาหารที่บรรจุคนได้ 500 ที่นั่ง ส่วนที่บริเวณศูนย์การขนส่งสาธารณะจะก่อสร้างห้องน้ำเพิ่มเติมอีก 25 ห้อง ห้องอาบน้ำ 10 ห้อง พร้อมทั้งที่พักและร้านอาหารราคาถูก 500 ที่นั่ง[121]
• ปัญหาสายการบินต้นทุนต่ำมีค่าใช้จ่ายสูงเกินกว่าที่คาดการณ์ไว้ - ลงทุนที่สุวรรณภูมิไม่คุ้ม ทำให้เกิดการร้องเรียนที่จะกลับไปใช้สนามบินดอนเมือง [123]
• ปัญหาความปลอดภัย จำนวนเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยไม่พอเพียง เนื่องจากพื้นที่กว้างใหญ่ของสนามบิน และมีกรณีร้องเรียนของพนักงานและเจ้าหน้าที่หญิงที่ถูกคุกคาม[124]
• ปัญหาความคับคั่งและปัญหาสั่งสมอื่นที่ต้องพิจารณา - เนื่องจากความเสียหายหลายจุดที่ทางวิ่งใกล้คอนคอร์สอี ด้านทิศตะวันออก จำเป็นต้องมีการปิดซ่อมสนามบินสุวรรณภูมิบางส่วน ทำให้เกิดการจราจรที่คับคั่งภายในสนามบินและเครื่องบินต้องวนคอยเพราะไม่สามารถลงจอดได้ เช่น เหตุการณ์เครื่องบินสายการบินไทยน้ำมันหมด ต้องลงจอดฉุกเฉินแต่เติมน้ำมัน ที่สนามบินอู่ตะเภาเมื่อวันที่ 25 มกราคม 2550 และที่ประชุมของกรรมการบอร์ด ทอท.ให้ทำการซ่อมผิวทางขับที่เป็นปัญหา ในคืนวันที่ 26 มกราคม 2550 และก่อนหน้านั้นได้มีมติให้เที่ยวบิน pint-to-point ที่เป็นสายในประเทศ สามารถย้ายกลับมาใช้สนามบินดอนเมืองได้ตามความสมัครใจ โดยเริ่มตั้งแต่ 15 มีนาคม 2550 เป็นต้นไป มีความเห็นหลากหลายทั้งที่เห็นด้วยและไม่เห็นด้วยหลายฝ่าย[125]
• ปัญหาสิ่งอำนวยความสะดวกเพื่อคนพิการไม่พอเพียงและไม่เหมาะสม ได้แก่ ห้องน้ำ ทางลาด สัญญานเสียง ป้ายอักษรแบรลล์ ไม่มีเจ้าหน้าที่ช่วยเหลือ จนนายณรงค์ ปฏิบัติสรกิจ ประธานมูลนิธิพัฒนาคนพิการไทย และพ.ต.ศิริชัย ทรัพย์ศิริ นายกสมาคมคนพิการทางการเคลื่อนไหวสากล ได้ออกมาเรียกร้อง ผ่านทางน.ส.กัญจนา ศิลปอาชา ประธานคณะกรรมาธิการการสวัสดิการสังคม สภาผู้แทนราษฎร[126][127]

ปัญหาด้านสิ่งปลูกสร้าง

• ปัญหาหลังคารั่ว[121] - ขณะฝนตกหนักในช่วงวันเปิด ได้เกิดหลังคารั่ว จากการชี้แจงของผู้เกี่ยวข้องว่าเกิดการรอยต่อที่ยาซิลิโคนไว้หลุดร่อน และได้ทำการแก้ไขเฉพาะหน้าไปโดยการใช้ถังรองน้ำฝนที่รั่ว และให้ช่างยาแนวรอยรั่วในวันต่อมา
• ปัญหาคาร์โก - เกิดการติดขัดของการออกของที่ส่วนคาร์โก เนื่องจากความไม่พร้อม ในส่วนของการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศ โดยเฉพาะจากผู้ประกอบการรายใหม่อย่างบริษัทบางกอก ไฟลท์ เซอร์วิสเซส จำกัด หรือ BFS จนทำให้บรรดาตัวแทนออกของ (ชิปปิ้ง) ลุกขึ้นมาโวยจนเป็นเรื่องราวใหญ่โต กรณีนี้บีเอฟเอสถูกระบุว่าไม่เป็นมืออาชีพพอที่จะเข้ามาให้บริการคลังสินค้าและขนถ่ายสินค้า จนทำให้มีสินค้าตกค้างอยู่ในโกดังไม่สามารถนำออกมาได้เป็นจำนวนมาก[128]
• ปัญหาพื้นทางวิ่งร้าว ทรุด - วันที่ 24 ต.ค. ผู้บริหารบริษัท ท่าอากาศยานไทย จำกัด (มหาชน) หรือทอท. ได้ทำหนังสือถึงสายการบินทุกแห่ง เพื่อแจ้งให้ทราบว่า ได้ปิดปรับปรุงทางวิ่ง-ทางขับ (แท็กซี่เวย์) บริเวณที 13 ซึ่งเป็นลานจอดเครื่องบินบริเวณ อี 4-อี 8 และแท็กซี่เวย์บริเวณบี โดยเป็นช่วงระหว่างแท็กซี่เวย์ซี 4 และซี 5 หรือตรงกับรันเวย์ 19 ด้านซ้ายของสนามบินสุวรรณภูมิ เนื่องจากเกิดการทรุดตัว ซึ่งหากเครื่องบินใช้พื้นที่ดังกล่าวแท็กซี่เวย์เพื่อเข้าหลุมจอดมากเกินไป อาจทำให้เกิดอันตรายได้ เพราะถ้าก้อนหิน หรือคอนกรีตปลิวเข้าไปในใบพัดเครื่องบิน โดยที่กัปตันไม่ทราบอาจทำให้เครื่องบินเกิดอุบัติเหตุได้[129][130]
• ปัญหาทางเทคนิคสถาปัตยกรรมและวิศวกรรมของอาคารและทางวิ่งกว่า 60 รายการ เช่น น้ำซึมใต้บริเวณ Taxi way, ระบบไฟฟ้าให้แสงสว่างภายในอาคารไม่พอ, สาย 400 Hz เพื่อส่งไฟให้เครื่องบินสั้นเกินไป, ระบบเครื่องปรับอาคารเย็นไม่พอ, วัสดุไม่ได้มาตรฐาน เช่น กระจก temper laminated ของบานประตูหมุน, จำนวนห้องน้ำต่อพื้นที่ใช้สอย, ภาพลักษณ์ที่เป็นลบในสายตาประชาชนส่วนใหญ่, การปะปนของคนงานก่อสร้างภายในอาคาร, สนามบิน ไม่มีแบบก่อสร้าง และ AS BUILT DRAWING, เกิดอุบัติเหตุกับคนข้ามถนนภายในบริเวณสนามบิน, ระบบ ITภายในอาคารยังใช้งานไม่ได้ 100 %, ระบบป้ายที่ไม่เป็นเอกภาพ, รถเข็นกระเป๋า ไม่เพียงพอ, ความไม่พร้อมของทางหนีภัย ในกรณีเกิดเหตุฉุกเฉิน, ความไม่พร้อมของบุคลากร ในกรณีเกิดเหตุฉุกเฉิน,สนามบินไม่คำนึงถึงผู้พิการ, ฯลฯ[131]
• ปัญหาท่อน้ำประปาแตกและน้ำนองลงมาในอาคารผู้โดยสาร ทำความเสียหายให้กับกระเป๋า และสำนักงานศุลกากร สร้างความตกตะลึงให้ประชาชนและนักท่องเที่ยวที่มาใช้บริการสนามบินจำนวนมาก เมื่อ 11 น. ของวันที่ 27 มกราคม 2550[132]
• ปัญหาอื่นๆ ที่ตรวจพบโดยพรรคประชาธิปัตย์ - นายอลงกรณ์ พลบุตร รองหัวหน้าพรรคประชาธิปัตย์ ได้แถลงเมื่อวันที่ 27 มกราคม 2550 ว่า จากการตรวจสอบในท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ พบจุดอันตรายเพิ่มอีก 2 จุด และอาจส่งผลกระทบต่อการเป็นศูนย์กลางการบินของเอเชียได้ คือ 1) อาคารสินค้าเขตปลอดอากรที่ไม่ มีการถมทรายในชั้นรากฐาน และการก่อสร้างหลังคาที่ไม่ได้มาตรฐาน อาจพังลงมาได้ทุกเวลา และ 2) อาคารผู้โดยสารหลัก ที่อาจเกิดการทรุดตัวของอาคาร โดยพบว่ากระจกด้านริมอาคารเริ่มจะปริแตกออก[132]

ปัญหาด้านกฎหมาย

• ปัญหาการผิดกฎหมายพระราชบัญญัติว่าด้วยการให้เอกชนเข้าร่วมการงานและดำเนินการในกิจการของรัฐ พ.ศ. 2535 หรือกฎหมายร่วมทุน ของสัมปทานพื้นที่ร้านค้าของ บริษัทคิงพาวเวอร์ - มติของ บอร์ด ทอท. เมื่อวันที่ 22 กุมภาพันธ์ 2550 ได้ระบุว่ารายละเอียดของสัญญาสัมปทานของบริษัท คิง เพาเวอร์ ในส่วนของสัญญาการประกอบกิจการร้านค้าปลอดภาษีและสัญญาการบริหารพื้นที่เชิงพาณิชย์ภายในท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ ทั้ง 2 สัญญาที่คิง เพาเวอร์ทำกับ ทอท.นั้น เป็นการดำเนินการที่ขัดต่อกฎหมายร่วมทุน เนื่องจากงานในแต่ละสัญญาน่าจะมีวงเงินในการลงทุนมากกว่า 1 พันล้านบาท ซึ่งจะเข้าข่ายกฎหมายร่วมทุน แต่ไม่ได้ดำเนินการตามขั้นตอนของกฎหมายร่วมทุน[133]
• ปัญหาเกี่ยวกับความผิดเกี่ยวกับกฎหมายควบคุมอาคาร - ทางบริษัทผู้ออกแบบ คือ บริษัทกิจการร่วมค้าเมอร์ฟี่ จาห์น แทมป์ แอนด์ แอ๊ค (เอ็มเจทีเอ) ผู้ออกแบบอาคารที่พักผู้โดยสารและอาคารเทียบเครื่องสนามบินสุวรรณภูมิ ได้แถลงชี้แจงข้อเท็จจริง เมื่อวันที่ 21 กุมภาพันธ์ 2550 โดยยอมรับว่า การออกแบบอาคารอาจจะผิด พ.ร.บ.ควบคุมอาคาร คือทางหนีไฟที่ประตูมีการล็อก และห้องน้ำจำนวนน้อยเกินไป[134]
• ปัญหาจากการที่กรมการขนส่งทางอากาศ (ขอ.) ไม่ได้มีการต่ออายุใบอนุญาตชั่วคราวทำการบินของสนามบินสุวรรณภูมิ ซึ่งหมดอายุลง และไม่ได้ต่ออายุเนื่องจากการปฏิบัติงานของเจ้าหน้าที่หลายส่วนในสนามบินตามคู่มือที่เรียกว่า Aerodrome Operation Manual ขององค์กรการบินพลเรือนระหว่างประเทศ (ไอซีโอ) ยังไม่มีความสัมพันธ์กัน ปัญหานี้ทำให้เกิดความไม่เชื่อมั่นในการใช้สนามบิน[132]
• ปัญหาจากการที่ประชาชนจำนวนหนึ่งไปร้องต่อศาลปกครองเพื่อให้มีคำสั่งระงับการบินในเวลากลางคืนและจ่ายค่าชดเชย[135]