นครรัฐเชียงแสนถูกปกครองโดยเจ้าฟ้าเชียงแสน และมีตำแหน่งขุนนางท้องถิ่นช่วยว่าราชการ เช่น นาซ้ายและนาขวา ซึ่งทั้งหมดถูกควบคุมโดยผู้ปกครองที่ถูกแต่งตั้งจากราชสำนักพม่า เช่น เมียวหวุ่น (ตำแหน่งผู้ปกครองเมือง), โป่ (ตำแหน่งแม่ทัพ), สิกเก (ตำแหน่งผู้ช่วยผู้ปกครองเมือง) หรือ นาขาม (ตำแหน่งผู้ตรวจการ) อย่างไรก็ตาม ในบางครั้งผู้ปกครองท้องถิ่นสามารถดำรงตำแหน่งขุนนางพม่าได้ เช่น เจ้าฟ้าหน่อเมืองและเจ้าฟ้าลมเสน ซึ่งทรงเคยดำรงตำแหน่งเมียวหวุ่นและสิกเกมาก่อน[3][5]

สาเหตุในการแยกการปกครองเมืองเชียงแสนออกจากเชียงใหม่คือ เพื่อป้องกันไม่ให้ผู้ปกครองเมืองเชียงใหม่มีอำนาจมากเกินไป และเพื่อควบคุมผลประโยชน์ทางการค้ากับเชียงตุง จีน และไทใหญ่ที่กำลังขยายตัว จากการเป็นศูนย์กลางทางการค้าทำให้ราชสำนักพม่าเรียกเก็บภาษีจากราษฎรในอัตราสูง ซึ่งมีการเรียกเก็บภาษีเป็นทอง ทองแดง และหอยเบี้ย[11] การเก็บภาษีของขุนนางพม่ามักถูกตีความว่าเป็นการปกครองชาวพื้นเมืองอย่างกดขี่ อย่างไรก็ตาม มีข้อโต้แย้งว่า สภาพการณ์เช่นนี้ไม่เป็นจริงทุกช่วงสมัย ดังที่ปรากฏในพื้นเมืองเชียงแสนว่า มีช่วงเวลาที่เมียวหวุ่นสามารถปกครองเมืองเชียงแสนได้อย่างปกติ มีการทำนุบำรุงพุทธศาสนาและจัดงานรื่นเริงหลายครั้ง[12]