ด้วยความช่วยเหลือจากสยามจนทำให้สามารถขับไล่พม่าออกไปได้ ทำให้เมืองต่าง ๆ ในล้านนา ยอมรับอำนาจของสยามและมีความสัมพันธ์กันในฐานะเมืองแม่กับเมืองประเทศราชมาตลอด อย่างไรก็ตาม ความสัมพันธ์จะแตกต่างกันไปตามแต่สมัย ในสมัยธนบุรี พระเจ้าตากสิน ปฏิบัติต่อหัวเมืองล้านนาอย่างเข้มงวด จะเห็นได้ว่า พระเจ้าตากสินทรงตัดสินให้ลงโทษพระยากาวิละข้อหาทำร้ายข้าหลวง ด้วยการเฆี่ยน 100 ที และตัดขอบใบหูทั้งสองข้างและจำคุก แต่ในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ไม่ปรากฏการลงโทษเจ้านายฝ่ายเหนืออย่างรุนแรง มีเพียงการกักตัวไว้ที่กรุงเทพฯ เพื่อแก้ปัญหาความขัดแย้งกันระหว่างเจ้านายเท่านั้น

ความสัมพันธ์ในช่วงต้นกรุงรัตนโกสินทร์ราบรื่นเป็นพิเศษ เนื่องจากความสัมพันธ์ทางเครือญาติระหว่างราชวงศ์จักรีและราชวงศ์ทิพย์จักร จากการที่เจ้ารจจา ขนิษฐาของพระเจ้ากาวิละ ได้เป็นพระอัครชายาในกรมพระราชวังบวรมหาสุรสิงหนาท และเนื่องจากช่วงเวลานั้น ยังมีการรุกรานจากพม่า ทำให้สยามต้องการล้านนาที่มีผู้นำเข็มแข็งเพื่อช่วยต่อต้านพม่า ทำให้สยามใช้นโยบายประนีประนอมและเอาใจ เพื่อให้ล้านนาสวามิภักดิ์และทำหน้าที่ดูแลรักษาชายแดน ตลอดจนการสร้างความผูกพันใกล้ชิด เช่น ราชสำนักสยามส่งหมอหลวงมาดูแลรักษาในยามเจ้านายชั้นผู้ใหญ่ประชวร หรือส่งสิ่งของเครื่องใช้มาช่วยงานพระศพ

อย่างไรก็ตาม ความสัมพันธ์ระหว่างสยามและประเทศราชล้านนาในสายตาชนชั้นปกครองสยามนั้นแตกต่างกัน ส่วนหนึ่งถือว่าล้านนาเป็น "เมืองสวามิภักดิ์" ไม่ใช่ "เมืองขึ้นกรุง"

ในฐานะพระเจ้าอธิราช กษัตริย์สยามมีพระราชอำนาจในการแต่งตั้งเจ้านายต่าง ๆ และเจ้านายตำแหน่งสำคัญ ๆ ของเมืองต่าง ๆ ส่งผลให้สยามสร้างอิทธิพลเหนือเจ้านายและขุนนางล้านนา เพราะทุกครั้งที่มีการแต่งตั้งเจ้าหลวงและเจ้านายสำคัญ เจ้าตัวจะต้องลงไปเฝ้าที่กรุงเทพฯ ด้วยตนเอง เป็นการแสดงความภักดี แม้การแต่งตั้ง จะเป็นไปตามที่ทางหัวเมืองประเทศราชเสนอมา แต่การแต่งตั้งโดยกษัตริย์สยาม ก็เป็นการรับรองสิทธิธรรมในการปกครองของเจ้านายอีกชั้นหนึ่ง และเพื่อยืนยันฐานะของเจ้านายที่ได้รับแต่งตั้ง กษัตริย์สยามจะพระราชทานเครื่องยศ ที่เป็นสัญลักษณ์ปกครอง เช่น พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก ทรงพระราชทาน พระสัปตปฎลเศวตฉัตร กางเหนือพระแท่นของพระเจ้ากาวิละในหอคำหลวง[6] ซึ่งแสดงถึงฐานันดรศักดิ์เทียบชั้นพระอุปราชแห่งสยาม

ทั้งล้านนาและสยาม ต่างชิงไหวชิงพริบในการสร้างสมดุลของความสัมพันธ์เชิงอำนาจ เมื่อมีโอกาส กษัตริย์สยามมักจะแสดงให้พระเจ้าประเทศราชล้านนาเห็นแสนยานุภาพการรบของตน เพื่อให้เกิดความยำเกรง ไม่คิดกบฏหรือเอาใจออกห่าง ส่วนเจ้านายล้านนา ก็แสดงถึงกำลังอำนาจของตนให้สยามเห็น ด้วยการทำสงครามกับบ้านเล็กเมืองน้อยรอบๆ ด้วยตนเอง อาทิ รัฐไทใหญ่ เชียงตุง และ สิบสองปันนา เมื่อชนะสงครามก็มักนำเจ้าเมืองและไพร่พลลงมาถวายกษัตริย์สยามที่กรุงเทพ เพื่อเป็นการสร้างความดีความชอบและเลื่อนยศ สินสงครามที่ถวายแด่กษัตริย์สยาม มักจะพระราชทานคืนแก่บ้านเมืองที่ทำสงคราม และเพื่อเข้าเฝ้ากษัตริย์สยามนั้น เจ้าหลวงล้านนามักจะแสดงอำนาจและความเข็มแข็งด้านกำลังคนให้สยามประจักษ์ เช่น กระบวนพยุหยาตราชลมารคของพระเจ้ากาวิละที่ลงไปเฝ้ารัชกาลที่ 1 มีเรือติดตามรวมกันถึง 138 ลำ[7]

ประวัติศาสตร์ด้านมืดของสยามกับล้านนา

1.กรมหมื่นพิชิตปรีชากรรับบัญชามาผลักดันให้เจ้าอินทวิชยานนท์ยอมรับการหมั้นระหว่างเจ้าดารารัศมี (ชนมายุ 11 ชันษา) ราชธิดาองค์สุดท้องกับพระมหากษัตริย์แห่งสยาม โดยยอมรับให้สยามจัดพิธีโสกันต์ระดับเจ้าฟ้าให้แก่เจ้าดารา ซึ่งล้านนาไม่เคยมีพิธีกรรมเช่นนี้

2.พ.ศ. 2440 เจ้าอินทวิชยานนท์ถึงแก่พิราลัย เจ้าดารารัศมีมิได้รับอนุญาตให้กลับไปร่วมงานปลงพระศพพระบิดา คาดกันว่าสยามเกรงล้านนาจะคิดกบฏหรือหันไปหาพม่า จึงต้องเก็บเจ้าดาราไว้ในฐานะตัวประกัน หลังจากเจ้าอินทวิชยานนท์ถึงแก่พิราลัย พระยาทรงสุรเดชก็มีคำสั่งตัดเงินรายปีของเจ้าเมืองเชียงใหม่จาก 8 หมื่น เหลือ 3 หมื่นรูปี และลดจำนวนเงินรายปีของเจ้านายคนอื่น ๆ พร้อมกับโยกย้ายและถอดถอนเจ้านาย และให้ข้าราชการสยามเข้ามาแทน และเพิ่มจำนวนเงินเดือนให้

3.ต่อมาในปี พ.ศ. 2456 รัฐบาลสยามได้กำหนดนโยบายห้ามสอนภาษาตั๋วเมือง ในโรงเรียนทุกแห่ง และกำหนดให้ครูและนักเรียนใช้ภาษาไทยสยามเท่านั้น และได้ห้ามคนจากสยามเรียกคนล้านนาว่าเป็นลาว เน้นการปลูกฝังเรื่องชาติ ศาสนา และพระมหากษัตริย์ ทำให้การสอนภาษาล้านนามีเฉพาะในวัด ที่สำคัญคือ การที่คนท้องถิ่นไม่สามารถอ่านและเขียนภาษาของบรรพบุรุษได้ก็คือจุดเริ่มต้นของอวสานของศิลปวัฒนธรรมและประวัติศาสตร์ของท้องถิ่น เช่น ความตายของภาษาเขียนนำไปสู่การชะงักงันของภาษาพูด ภาษาพูดที่จะพัฒนาต่อไปก็คือการรับเอาคำจากภาษาไทยเข้ามามาขึ้นตามลำดับ ฯ

4.ในปี พ.ศ. 2542 อรุณรัตน์ วิเชียรเขียวได้วิเคราะห์ว่า การย้ายเสาอินทขิลน่าจะเกิดจากความเห็นว่าศูนย์กลางเมืองเชียงใหม่ถูกคนของอยุธยาทำไสยศาสตร์ด้วยการฝังไหกระดูกผี (รวมทั้งฝังไว้ประตูเมืองทุกแห่ง) เพื่อทำลายความศักดิ์สิทธิ์ของเมืองในสมัยพญาติโลกราช (พ.ศ. 1984-2030) พญาติโลกราชจับได้จึงคิดวิธีแก้ไขสิ่งชั่วร้ายดังกล่าวด้วยการบรรจุพระบรมสารีริกธาตุลงในเจดีย์วัดเจดีย์หลวง ฯ

5.ครั้นถึงสมัยพญากาวิละ (พ.ศ. 2325-2356) อรุณรัตน์จึงเสนอว่าเนื่องจากเมืองเชียงใหม่ได้ประสบชะตากรรมครั้งแล้วครั้งเล่า จนสิ้นราชวงศ์มังราย และตกเป็นเมืองขึ้นของพม่านานถึง 200 ปีเศษ พญากาวิละคงจะฟื้นความเชื่อของพญาติโลกราช จึงย้ายเสาอินทขิลมาไว้ในเจดีย์หลวงในปี พ.ศ. 2343

6.การสร้างคุกบนพื้นที่ที่เคยเป็นหอคำหรือพระราชวังของกษัตริย์ล้านนาเป็นการทำลายความศักดิ์สิทธิ์จุดหนึ่งของเมือง ข้อมูลที่ชัดเจนที่สุดคือ เรือนจำเชียงใหม่ และลำพูน ฯ กรณีเชียงราย ประชาชนขอสั่งรื้อเรือนจำ สถานที่เคยเป็นที่ดินศักดิ์สิทธิ์ใช้ในการฟ้อนผีเจ้านาย เจ้ามด เจ้าเม็ง และทำพิธีสำคัญของเมืองเชียงรายในอดีต

7.การล่มสลายของอำนาจเจ้านายท้องถิ่น ไม่เพียงแต่ส่งผลให้อาคารสำนักงานของรัฐบาลสยามเกิดขึ้นในเขตศูนย์อำนาจเก่า หากยังเปิดโอกาสให้เอกชนเข้ายึดครองที่ดินหลายส่วน โดยเฉพาะที่ดินติดถนนเพื่อสร้างเป็นร้านคา ส่งผลให้ที่ดินบริเวณพญามังรายถูกฟ้าผ่า ถึงแก่พิราลัยในปี พ.ศ. 1854 ซึ่งมีผู้สร้างศาลพญามังรายให้ผู้คนได้กราบไว้ ต้องกลายเป็นที่ดินของเอกชน ฯ ความศักดิ์สิทธิ์และพิธีกรรมดั้งเดิมของเมืองถูกทำลายหรือเปลี่ยนแปลง สถานที่สำคัญกลายเป็นที่จอดรถ ฯ และยังมีอีกหลาย ๆ เรื่องที่น่าศึกษาจากหนังสือคนเมือง ของ ธเนศวร์ ตั้งแต่เรื่องของครูบาศรีวิชัยถูกจับกุม การขอคืนอำนาจให้เจ้านายท้องถิ่นในสัญลักษณ์ต่าง ๆ เช่น การสร้างโรงเรียนในนามเจ้านคร และการยอมรับการปรับตัวของคนเมืองในระบอบของสยาม[8]